Программа MEME

1. Задание 1

   
   В наборе гомологов моего белка (задание 2 занятия 9) надо было найти мотивы программой MEME. Найдено 3 мотива.
   
   Для первого:встречается - во всех ;126.5 bits Entropy; 1.77e-43 P-value;65-`110 координаты ;45 длина (Здесь и далее значения P-value и координаты мотива приведены по белку Maf_Bacsu)
   Для второго : встречается - во всех; 98.0 bits Entropy ; 1.47-33 P-value ; 122-155 координаты; 33 длина
   Для третьего; во всех 106.5 bits Entropy ;2.21e-35 P-value; 3-43 координаты;40 длина.
2. Задание 2. В выравнивании моих последовательностей, полученное из программы muscle, цветом выделены найденные программой MEME мотивы, сохранённый msf-файл прикреплён к отчёту. msf-файл
3. Задание 3. Программой MAST проведён поиск мотивов, найденных программой MEME, в последовательностях, из которых составлено выравнивание (seed) одного из доменов моего белка, взятое из Pfam. mastout.html
   1)Мотив 1 встречается в 11-ти из 12
   Мотив 2 В 10-ти из 12.
   Мотив 3 В 8-ти из 12.
   2)В 5-ти присутствуют все мотивы: MAF_BACSU;Y905_SYNY;YCEF_SHIFL;Y1161_HELPJ;Y815_RICPR.
   3)Выравнивание Pfam cоответствует выравниванию мотивов MEME.