Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro.

1. Доменная структура белка MAF_BACSU по данным Pfam

   
   

   Cхема из Pfam:
   На схеме представлен домен Maf.
   №	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка MAF_BACSU	Клан
   1.	PF02545	Maf	Семейство доменов названо по названию фермента Maf, предпологаемому ингибитору формирования септ в клетках эукариот,бактерий и архей.	3-189	Клан Maf (CL0269) содержит 2 семейства(Maf и NTPase_I-T), общее число доменов клана 2358.

2. Представленность домена PF02545 в организмах разных видов

   Таксон		Количество белков с доменом PF02545
   Эукариоты	Зеленые растения	18
   	Грибы	56
   	Животные	33
   	Остальные эукариоты	30
   Бактерии		1221
   Археи		12

   
   Домен наиболее широко представлен в бактериях.

3. Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

   №	PFAM ID	Bacillus subtilis
   1.	Maf	1

   В протеоме бактерии данный домен встречается лишь единожды, также и его доменная организация.

4. Примеры доменных перестроек PF02545

   
   A7A6V0_BIFAD [Bifidobacterium adolescentis L2-32]:
   В доменной структуре два сопряжённых домена Maf,справа прилагается домен NUDIX.
   
   Q4RWE7_TETNG [Tetraodon nigroviridis (Green puffer)]:
   Существует одна последовательность с предшествующим доменом 7tm_1.
   Третий в-т - просто в середине последовательности,см. иллюстрацию к первой таблице. Среди 1980 последовательностей именно эта является самой распространенной( представлена в 1916 последовательностях.) Остальные доменные структуры (всего 13 вариантов) являются скорее экзотикой.
5. Ссылка на выравнивание N-концевого домена белка Maf.(PF02545) PF02545_seed


6. Сравнение описания мотивов в разных БД.
   
   Самый короткий мотив PTHR11746 описан в БД PANTHER.
   Самый длинный мотив PIRSF006305 и G3DSA:3.90.950.10 соответственно в базах данных PIRSF и Gene3D. Тип распознающего правила называется Accession number (AC).(?)
   Структурные подписи, интегрированные в InterPro включают подписи для двух цепей (1ex2A, 1ex2B), а также для доменов SCOP и CATH.Тип распознающего правила- тот же.
   Границы структурных доменов от границ доменов Pfam отличаются, по Pfam домен начинается чуть пойзже, это отражено на рисунке.