На главную страницу
На страницу второго семестра

PSI-BLAST

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
ID белка	AC белка	Число итераций	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MAF_BACSU	Q02169	3	448	5e-05	0,18	454	2e-29	0,044
MINC_ECOLI	P18196	6	162	0.005	0.005	881	0,002	0,094
SSRP_ECOLI	P0A832	2	514	3e-10	5,4	514	5e-31	0,35
RP5M_RHIME	P17265	4	15	0,005	0,12	25	8e-15	0,025
MINC_ECOLI*	P18196	3	155	0,001	0,001	188	3e-10	0,001

Для каждой следующей итерации увеличивается число находок,E-value худшей находки выше порога и лучшей находки ниже порога при этом уменьшаются. В каждом отдельном случае от итерации к итерации это происходит, вообще говоря по-разному, но везде E-value худшей падает сравнительно значительно быстрее. Если проследить за значением самой лучшей изначально находки и некоторой средней для, например, Maf_Bacsu, окажется что E-value их от итерации к итерации постоянно колеблется, и с последней итерации они даже меняются местами, и средняя имеет теперь уже E-value лучше. Во втором задании для MINC_ECOLI* был произведён поиск с пониженным порогом, число итераций при этом понизился с 6 до 3. Это произошло, потому что, так как мы понижаем порог , то для следующей итерации уменьшается количество входных последовательностей при этом качество их увеличивается(т.к.E-v выше), таким образом круг сужается и сходятся находки раньше. Что касается вопроса каково максимальное значение порога, чтобы итерации вели себя также как при 0,001, вообще не знаю , но мне кажется что таково быть не должно потому что ведь при другом пороге входить будет каждый раз больше последовательностей, и неизвестно как они будут влиять на дальнейшие итерации, уже при пороге 0,002 3-ёх итераций недостаточно.