 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SCOP и CATH Классификация доменов записей PDB 1LV7 и 1OPK согласно SCOP1LV7
1OPK
Классификация доменов записей PDB 1LV7 и 1OPK согласно CATH1LV7
1OPK
Различия между CATH и SCOP в описании доменов записей 1LV7 и 1OPKДомены, предсказанные SCOP и CATH, отличаются в обоих случаях. В случае с 1LV7 SCOP предсказал один единственный домен цепи А, в данном случае это целый белок, а вот CATH выдал 2 домена, причем эти домены относятся к разным классам, архитектурам, топологиям, и единственное общее между двумя предсказаниями это то, что 1 домен(красный на картинке) по CATH и один единственный домен по SCOP относятся к одному классу "альфа-бета". На картинке ниже изображено два предсказания (слева SCOP, справа CATH) Визуально можно также выделить два домена в этих структурах.
(слева SCOP, справа CATH)
Рассмотрим случай с белком 1ОРК, в случае со SCOP, он выделил 3 домена, а вот CATH - 4. В случае первого домена по SCOP, то он похож по координатам на 1 домен CATH, но вот по топологии, архитектуре и классу на 2 домен CATH, те SH3 - домен, SH3 -бочки. А вот 3 домен SCOP скорее всего объединяет в себе 3 и 4 домен CATH, т к по координатам, 3 домен SCOP = 3+4 домен САТН, причем они все относятся к одному классу, 3 домен SCOP и 3 домен САТН принадлежат даже к схожим семействам, имеющим похожие функции "киназы фосфорилазы" и "протеин киназы" соответсвенно. А вот если рассмотреть 3 и 4 домен домен по САТН то они тоже похожи, т к относятся к одному классу, имеют одинаковую архитектуру, но единственное, разные топологии, вследствии чего, САТН скорее всего и поделил этот участок на 2 домена, а SCOP оставил его единым.
Выравнивание доменов, имеющих одну укладку, но состоящих в разных суперсемействахДля этого были взяты два белка из класса Альфа и бета белки, имеющие укладку 7-stranded beta/alpha barrel семицепочечная бета-альфа бочка, но относящиеся к разным суперсемействам, белок 1m65 (белок Escherichia coli) относится к суперсемейству РНР подобные домены, а 1uoz (белок Mycobacterium tuberculosis)- к суперсемейству Glycosyl hydrolases family 6, cellulases гликозил гидролаз семейства 6. По САТН и SCOP оба белка имеют по одну домену, теперь сделаем выравнивание этих доменов, на картинке ниже изображено жесткое выравнивание полученное командой super, RMSD составило около 6, что говорит об отсутсвии схожести между двумя структурами, хотя они принадлежат к одной укладке.
После жесткого выравнивания было сделано гибкое выравнивание программой FATCAT (результат), программа выделила 3 плюс-блока, однако RMSD этих блоков приблизительно 3, это конечно лучше, чем у жесткого выравнивания, но все равно говорит об очень отдаленном сходстве этих двух структур. Следовательно, можно сделать вывод, что домены принадлежащие к одной укладке, но к разным суперсемействам все таки имеют очень мало сходства.
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
© Замараев Алексей |
 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
