Доменная структура белка Ftsh_Ecoli по данным Pfam

Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства домена	Положение в последовательности белка Ftsh_Ecoli	Клан
1.	PF06480	Ftsh_ext	Ftsh внеклеточный	5-93	Клан MA(E)
2.	PF00004	AAA	Семейство атфаз	188-321	Клан ААА(CL0023), состоящий из 142 семейств
3.	PF01434	Peptidase M41	Семейство пептидаз M41	381-592	Клан Peptidase_MA (CL0126), состоящий из 36 семейств

В формате msf выравнивание-затравку (seed) для N-концевого домена заданного белка. - Скачать(.msf)

База данных InterPro

Просмотр

На данной картинке розовым выделен домен ААА семейства белков Ftsh. В Jmol представлен только данный домен, в связи с тем что существующий pdb файл включает только аминокислотные остатки 141-394(1lv7.pdb).

На картинке видно, что данный домен соответствуют отдельной компактной структуре белка, но в pdb файле предствалена не вся структура белка, поэтому мы не можем в полной мере судить о компактизации третичной структуры нашего домена.

 

Представленность домена PF06480 в организмах разных видов

Таксон		Количество белков с доменом PF06480
Эукариоты	Зеленые растения	50
	Грибы	70
	Животные	72
	Остальные эукариоты	20
Бактерии		1481
Археи		0

Из данный таблицы можно сделать вывод, что данный домен распространен больше всего в бактериях.

 

Представленность изучаемых доменов в белках Escherichia coli (strain K12)

№	PFAM ID	Количество белков в Escherichia coli (strain K12)
1.	PF06480	1
2.	PF00004	7
3.	PF01434	1

Из данный таблицы видно, что домен PF00004 самый распространенный из 3 наших доменов.

1) Встречаются 23 последовательности: AAA x 3 (B2W524_PYRTR)

И 6593 последовательностей: AAA( RFC4_CAEEL )

2) Существует 1 последовательность структуры FtsH_ext, AAA, Peptidase_M41 x 3( Q4SI28_TETNG), где Peptidase_M41 представлен 3 копиями на С конце.

И существует последовательность с целой Peptidase_M41 на С конце (C0CVX5_9CLOT)