Биологический смысл выравнивания

Было даны 2 последовательности

>1
PKDAQVIMSILKELNVQEYEPRVVNQLLEFTFRYVTSILDDAKVYANHARKKTIDLDDVRLATEVTLD

>2
MLYGSSISAESMKVIAESIGVGSLSDDAAKELAEDVSIKLKRIVQDAAKFMNHAKRQKLSVRDIDMSLKV

Построение выравнивания в соответствии с пространственным наложением
С помощью RasMol была построена остовная модель, на которой были выделены Сα-атомы, расстояние от которых до Сα-атомов другой цепи не превышало 2 ангстрема. Будем считать "соответствующими" такие аминокислотные остатки, Сα атомы которых расположены на расстоянии не более, чем 2.0 A.

С помощью программы "GeneDoc" было вручную построено выравнивание, соответствующее пространственному наложению структур этих участков:

-=Скачать выравнивание(.msf)=-

Сравнение полученного выравнивания с глобальным выравниванием участков, построенное программой "needle". С помощью программы "needle" было получено следующее выравнивание:

Это выравнивание идентично с выравниванием, полученным вручную с точки зрения биологического смысла, однако needle делает выравнивании с точки зрения наибольшего веса, и поэтому он делает меньше гэпов, но с биологической точки зрения это может быть неверно, следовательно при сравнении двух родственных белков нужно учитывать не только вес, но и пространственную структуру белка.




Биологический смысл выравнивания Было даны 2 последовательности >1 PKDAQVIMSILKELNVQEYEPRVVNQLLEFTFRYVTSILDDAKVYANHARKKTIDLDDVRLATEVTLD >2 MLYGSSISAESMKVIAESIGVGSLSDDAAKELAEDVSIKLKRIVQDAAKFMNHAKRQKLSVRDIDMSLKV Построение выравнивания в соответствии с пространственным наложением С помощью RasMol была построена остовная модель, на которой были выделены Сα-атомы, расстояние от которых до Сα-атомов другой цепи не превышало 2 ангстрема. Будем считать "соответствующими" такие аминокислотные остатки, Сα атомы которых расположены на расстоянии не более, чем 2.0 A. С помощью программы "GeneDoc" было вручную построено выравнивание, соответствующее пространственному наложению структур этих участков: -=Скачать выравнивание(.msf)=- Сравнение полученного выравнивания с глобальным выравниванием участков, построенное программой "needle". С помощью программы "needle" было получено следующее выравнивание: Это выравнивание идентично с выравниванием, полученным вручную с точки зрения биологического смысла, однако needle делает выравнивании с точки зрения наибольшего веса, и поэтому он делает меньше гэпов, но с биологической точки зрения это может быть неверно, следовательно при сравнении двух родственных белков нужно учитывать не только вес, но и пространственную структуру белка.


© Замараев Алексей