Главная

I Семестр

II Семестр

III Семестр

IV Семестр

Проекты

Обратная Связь

Работа с сервисом TreeTop

• 1. Получение выравнивания

  Для запуска данного сервиса, необходимо было сперва получить выравнивание в правильной форме. Для этого я воспользовался программой T-COFFEE расположенной на сайте http://www.ebi.ac.uk/ и выбрал выравнивание в форме phylip (mp_tcoffee.phylip)

• 2. Запуск TreeTop

  В результате чего было получено два дерева c использованием двух разных алгоритмов.
  CLUSTER ALGORITHM:
  ((((((HAEIN:0.195751,PASMU:0.195751):0.072969,(PROMH:0.168893,YERPE:0.168893):0.099827):0.045777,VIBCH:0.314497): 0.196866,(NEIMA:0.459287,RALPJ:0.459287):0.052076):0.068170,RHIEC:0.579534);

  

  
  TOPOLOGICAL ALGORITHM :
  ((((((NEIMA:0.188372,RALPJ:0.293660):0.038459,RHIEC:0.307866):0.086167,VIBCH:0.055269):0.011348,(YERPE:0.001000, PROMH:0.207610):0.059806):0.026592,PASMU:0.001000):0.002133,HAEIN:0.002133);

  

  Кроме этого была получена матрица расстояний:

             1     2     3     4     5     6     7     8     
   1 HAEIN  0.000 0.469 0.196 0.289 0.526 0.548 0.317 0.288
   2 NEIMA  0.469 0.000 0.456 0.477 0.459 0.581 0.507 0.488
   3 PASMU  0.196 0.456 0.000 0.256 0.524 0.541 0.279 0.242
   4 PROMH  0.289 0.477 0.256 0.000 0.535 0.570 0.334 0.169
   5 RALPJ  0.526 0.459 0.524 0.535 0.000 0.603 0.538 0.525
   6 RHIEC  0.548 0.581 0.541 0.570 0.603 0.000 0.579 0.562
   7 VIBCH  0.317 0.507 0.279 0.334 0.538 0.579 0.000 0.327
   8 YERPE  0.288 0.488 0.242 0.169 0.525 0.562 0.327 0.000
  

• 3. Впечатления

  Полученные данным сервисом деревья совпадают с правильным деревом. Кроме этого была выдана матрица расстояний. Помимо этого имеется удобный графический интерфейс для визуализации полученных деревьев. То есть то, что мы делали с помощью нескольких программ делает одна программа. Поэтому для получения дерьвьев по множественному выравниванию очень удобно использовать данный сервис. Однако минус в том, что TreeTop нельзя на вход подать множественное выравнивание в fasta-формате.