МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ М.В.ЛОМОНОСОВА
ФАКУЛЬТЕТ БИОИНЖЕНЕРИИ И БИОИНФОРМАТИКИ

Домашняя страничка Ильи Курочкина

Главная

I Семестр

II Семестр

III Семестр

IV Семестр

Проекты

Обратная Связь

Алгоритмы реконструкции деревьев

  • 1. Укоренение в среднюю точку

    Использовав дерево построенное в предыдущего занятия методом neighbor-joining, и использовав программу retree с параметром M (Midpoint root the tree), получил дерево, укорененное в среднюю точку.

    Дерево укорененно в следующую ветвь:
    {RALPJ, NEIMA} против {RHIEC, VIBCH, PASMU, HAEIN, PROMH, YERPE}
    Полученное дерево соответствует правильному дереву (изображение).

  • 2. Использование аутгруппы

    С помощью программы retree я укоренил то же дерево, используя в качестве аутгруппы организм Bacillus subtilis.

    Дерево укорененно в следующую ветвь:
    {RHIEC} против {RALPJ, NEIMA, VIBCH, PASMU, HAEIN, PROMH, YERPE}
    Полученное дерево немного не соответствует правильному дереву, так как у данного дерева имеется нетривиальная ветвь: {RALPJ, RHIEC} против {NEIMA, VIBCH, PASMU, HAEIN, PROMH, YERPE}, отсутствующая у правильного дерева. То есть данное дерево совпадает с деревом полученным с помощью программы fprotpairs без использования аутгруппы (изображение).

  • 3. Бутстрэп

    Я провёл бутстрэп-анализ филогении:
    1. Cоздал из выравнивания 100 бутстрэп-реплик программой fseqboot
    2. Реконструировал по этим репликам деревья программой fprotpars
    3. Cделал из них единое дерево по принципу "расширенного большинства" программой fconsense
    В результате чего получил следующее неукоренённое дерево: 
    
                                     +------RHIEC
                              +-50.0-|
                       +-99.5-|      +------RALPJ
                       |      |
                +-77.2-|      +-------------NEIMA
                |      |
         +-58.8-|      +--------------------VIBCH
         |      |
         |      |                    +------YERPE
  +------|      +--------------100.0-|
  |      |                           +------PROMH
  |      |
  |      +----------------------------------PASMU
  |
  +-----------------------------------------HAEIN
    Полученное дерево совпадает с деревом реконструированным программой fprotpars на исходном выравнивании (изображение). То есть немного не соответствует правильному дереву.

    Список организмов: 
      1. HAEIN
  2. PASMU
  3. YERPE
  4. PROMH
  5. VIBCH
  6. NEIMA
  7. RALPJ
  8. RHIEC

    Было найдено 13 ветвей, не получивших большинства:

    Обозначение Получившиеся ветви Поддержка
    .....**. {RALPJ, NEIMA} против {RHIEC, VIBCH, PASMU, HAEIN, PROMH, YERPE} 37.50
    .***.... {PASMU, PROMH, YERPE} против {RALPJ, NEIMA, RHIEC, VIBCH, HAEIN} 19.33
    .*..**** {RALPJ, NEIMA, RHIEC, VIBCH, PASMU} против {HAEIN, PROMH, YERPE} 17.00
    .....*.* {RHIEC, NEIMA} против {RALPJ, VIBCH, PASMU, HAEIN, PROMH, YERPE} 12.50
    .****... {PASMU, PROMH, YERPE, VIBCH} против {RALPJ, NEIMA, RHIEC, HAEIN} 7.67
    ..***... {PROMH, YERPE, VIBCH} против {RALPJ, NEIMA, RHIEC, PASMU, HAEIN} 6.83
    ..**.*** {PROMH, YERPE, RALPJ, NEIMA, RHIEC} против {HAEIN, PASMU, VIBCH} 4.50
    .*...*** {PASMU, RALPJ, NEIMA, RHIEC} против {HAEIN, PROMH, YERPE, VIBCH} 3.00
    .***.*** {RALPJ, RHIEC, NEIMA, PASMU, PROMH, YERPE} против {VIBCH, HAEIN} 2.83
    .*..*... {PASMU, VIBCH} против {RALPJ, RHIEC, NEIMA, HAEIN, PROMH, YERPE} 1.83
    ....***. {VIBCH, NEIMA, RALPJ} против {RHIEC, PASMU, HAEIN, PROMH, YERPE} 0.50
    ..*****. {NEIMA, RALPJ, VIBCH, PROMH, YERPE} против {PASMU, HAEIN, RHIEC} 0.50
    .******. {NEIMA, RALPJ, VIBCH, PASMU, PROMH, YERPE} против {HAEIN, RHIEC} 0.50

    Среди ветвей не получивших большинства оказалась одна верная ветвь:
    {RALPJ, NEIMA} против {RHIEC, VIBCH, PASMU, HAEIN, PROMH, YERPE}
    Её поддержка составляет 37.50 %.

© 2008, Илья Курочкин