Главная

I Семестр

II Семестр

Проекты

Обратная Связь

SRS, MRS, Uniprot

• Сравнение поисковых систем

  Все три вида поисковых систем достаточно приятные. SRS и МRS очень похожы. До описания поля Features отличий немного, следует упомянуть разве что отсутствие ссылок на таксоны в SRS, но зато в ней статьи о белке представлены сразу в нескольких форматах. Теперь об "особенностях" последовательности. Особенности (мутагенные участки, домен, элементы вторичной структуры и т.д.) расписаны во всех трех системах примерно одинакого. Лучше всего выглядит SRS: там подробно расписана вторичная структура и особенности и даже дана карта расположения всех особенностей относительно линейной последовательности. Кроме того, в SRS можно выбрать любой из 5 форматов записи последовательности. Система MRS немного уступает, так как представляет последовательность только в одном формате. В ней нет карты с расположением элементов вторичной структуры, но зато при наведения на один из них входящие в него аминокислоты высвечиваются. UniProt отличается от двух других систем по последовательности описания, вначале дается самая нужная информация. Так же есть карта с расположением элементов вторичной структуры. Страница не загроможденна полем "cross-references", которое идет ближе к концу, поэтому выглядит компактней чем страницы SRS и MRS.

• Возможности страницы с описанием поля "Taxonomy" банка SwissProt

  • На "gam" начинаются названия следующих таксонов:

    gambusia,
    gammaherpesvirinae,
    gammapapillomavirus,
    gammaproteobacteria,
    gammaretrovirus,
    gammaridea.

  • Английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии" - это gammaproteobacteria.

  • В банке SwissProt содержится 83513 записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий.

• Запросы белков гамма-протеобактерий к банку SwissProt, выполняющих функцию, сходную с функцией моего белка

  Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
  Ribosomal small subunit pseudouridine synthase A	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & (((((([swissprot-Description:Ribosomal*] & [swissprot-Description:small*]) & [swissprot-Description:subunit*]) & [swissprot-Description:pseudouridine*]) & [swissprot-Description:synthase*]) & [swissprot-Description:A]) | [swissprot-Description:Ribosomal small subunit pseudouridin e synthase A*]))	13
  16S pseudouridylate 516 synthase	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & (((([swissprot-Description:16S*] & [swissprot-Description:pseudouridylate*]) & [swissprot-Description:516*]) & [swissprot-Description:synthase*]) | [swissprot-Description:16S pseudouridylate 516 synthase*]))	13
  16S pseudouridine 516 synthase	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & (((([swissprot-Description:16S*] & [swissprot-Description:pseudouridine*]) & [swissprot-Description:516*]) & [swissprot-Description:synthase*]) | [swissprot-Description:16S pseudouridine 516 synthase*]))	13
  rRNA-uridine isomerase A	([swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*] & ((([swissprot-Description:rRNA-uridine*] & [swissprot-Description:isomerase*]) & [swissprot-Description:A]) | [swissprot-Description:rRNA-uridine isomerase A*]))	26
  rRNA pseudouridylate synthase A	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & (((([swissprot-Description:rRNA*] & [swissprot-Description:pseudouridylate*]) & [swissprot-Description:synthase*]) & [swissprot-Description:A]) | [swissprot-Description:rRNA pseudouridylate synthase A*]))	26

• Посмотреть последовательности, полученные по первому запросу, в fasta-формате можно здесь

Дополнительное задание

• Найдите статьи последних двух-трёх лет, в аннотациях которых упоминается Ваш белок. В протоколе приведите строку запроса и количество найденных статей.

  Для поиска статей последних двух-трех лет, в аннотациях которых упоминается мой белок, в банке MEDLINE я попробовал ввести в поле "Abstract" название моего белка. А затем ввел промежуток времени в поле "Year" 2006:2008. Получился вот такой запрос: ([medline-Year#2006:2008] & ((([medline-Abstract:RsuA*] & [medline-Abstract:Escherichia*]) & [medline-Abstract:coli*]) | [medline-Abstract:RsuA Escherichia coli*])). В результате была найдена одна статья. Если просто ввести RsuA то будет 3 статьи. Я также обратил внимание на то, что в анотациях имеется подзаголовок Substances поэтому я попробовл ввести в поле "Substances" название моего белка. Запрос получился вот таким: ([medline-Year#2006:2008] & ((((([medline-Substance:16S*] & [medline-Substance:RNA*]) & [medline-Substance:pseudouridine*]) & [medline-Substance:516*]) & [medline-Substance:synthase*]) | [medline-Substance:16S RNA pseudouridine 516 synthase*])) и было найдено 3 статьи. Причем эти 3 статьи и 3 статьи из предыдущего запроса разные: совпадает только одна статья.

• Сколько в MEDLINE статей, опубликованных в 1970-е годы, среди авторов которых имеется А.А.Нейфах? Каков был круг интересов указанного автора?

  Для поиска статей опубликованных в 1970-е годы, среди авторов которых имеется А.А.Нейфах, в банке MEDLINE, я попробовал ввести в поле "Authors" фамилию ученого, причем я не знаю как она пишется на английском поэтому пропустил одну букву. А также ввел в поле "Year" 1970-1979. Соответственно запрос получился таковым: ([medline-Authors:Ne*fakh,A.A.*] & [medline-Year#1970:1979]). Было найдено 27 статей, причем фамилия ученого имеет три варианта перевода на английский язык.

  А.А.Нейфах занимался эмбриональным развитием организмов, эмбриональной генетикой. Изучал РНК и митозы. Глядя на анонсы статей, объектами его исследований были: вьюны, китайские хомячки, золотые рыбки, морские ежи и даже амебы.