Главная

I Семестр

II Семестр

Проекты

Обратная Связь

Пробное выравнивание

1.Определить положение фрагмента в полной последовательности

• Воспользовавшись программой GeneDoc, я добился полного совпадения заданного фрагмента (seq1) с участком моего белка (RSUA_ECOLI). Заданный фрагмент соответствует позициям 89–116 в полной последовательности белка RSUA_ECOLI.

  Картинка с выравниванием:

  

2.Построить "наилучшее" выравнивание вручную

• Картинка с выравниванием двух коротких последовательностей:

  

  Длины первого и второго фрагмента совпадает, и равна соответственно 28 а.о.

  Длина выравнивания 28

  Удивительно, но при исходной комбинации (без расставления каких-либо гэпов) вес получился максимальным 14. С помощью минимального количества гэпов (2) мы получим еще одно совпадение, но при этом вес будет меньше.

  Вес посчитан по формуле: W = M – nG=14-2*0=14,
  где M — число совпавших букв, G — штраф за пропуск, равен 2, n — общее число пропусков.

  Мои выровненные последовательности на 50% идентичны (%%идентичности=(14/28)*100%=50%).

3.Найти первую с N-конца выравнивания "близкородственную" замену а.о.

• № первой позиции выравнивания, в которой мы наблюдаем близкородственную замену а.о. – 21 (Если можно считать близкородственной заменой - замену а.о. на него же самого, тогда № первой позиции выравнивания, в которой мы наблюдаем близкородственную замену а.о. - 6).

  Валин (V) меняется на метионин(М).

  Вес такой замены: 1.

  В боковой группе метионина появляется дополнительная –SH-CH₃ группа, по сравнению с валином, а также исчезает другая –CH₃ группа. Обе аминокислоты алифатические и не заряженные. Но есть и различия, валин – неполярная аминокислота, а метионин – полярная, а также они различны по пространственной структуре. Наверное поэтому вес не такой большой.

Дополнительные задания

1.Определить % сходства выровненных фрагментов.

• %%сходства=((14+4)/28)*100%=64%. Так как помимо совпавших букв мы будем еще учитывать те 4 буквы, для которых значение элемента матрицы BLOSUM62 положительно.

2.Построить иное выравнивание 2-х заданных фрагментом
с весом не хуже, чем получилось в обязательном упр.2

• Построил иное выравнивание 2-х заданных фрагментом но вес оказался меньше. Так как в упр.2 я выбрал выравнивание с наибольшим весом. В данном же выравнивание количество совпадений оказалось на одно больше, но я использовал 2 гэпа, поэтому оно хуже.

  Вес выравнивания W=M-nG=15-2*2=11

  Картинка с иным выравниванием двых коротких последовательностей:

  

• Скачать потокол c проделанным заданием.