Несколько слов о белке из 1KSK
Мой белок похож на сферу(сверху) и наклоненный цилиндр((снизу)к нему пристыковываются маленькие конусы), соединенных вместе или также можно считать, что это просто цилиндр, без конусов.Для того чтобы понять каким является мой белок я сперва измерил расстояние между крайними атомами. Так как мой белок не очень сильно похож на сферу, я возьму шесть расстояний и посчитаю среднее.
Расстояние между атомами:
|
Изображение белковой части структуры в шариковой модели
Сравнительные размеры белка:
Примерный объем клетки E.coli: 3.14*(0.5)2*2≈1.57 μm3
Примерный объём белка: 4/3*3.14*(28.565)3≈ 97582.3 Å3;
Количество молекул = объем клетки E.coli / объем молекулы белка ≈ 16088982.
Так как при упаковке сфер остается незадействованное пространство примерно на
30 процентов, то всего в клетке умещается ≈ 21 миллион белков.
Пусть все 4400 белков кишечной палочки были синтезированы одновременно.
Примерно все одинаковы то каждого белка ≈ 21 000 000/4400 = 4772.
В общем каждого белка в клетке порядка 4-5 тысяч.
Длина видимого света лежит между 4000-7000 Å, длина белка 58 Å , т.е 4000-7000/(2*58) = 34-60 белков должны составлять такой аппарат.