Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Поиск нужного термина в словарях GO

В окно поиска GO ввели слово cytoplasm (выбрав опцию "GO term or ID"GO term or ID), в качестве фильтра выбрали словарь независимых терминов cellular component, в итоге, выбрали первую запись из более чем 30, выданных как результат поиска. Данный выбор (именно 1-й записи)обусловлен выдачей результатов по релевантности.
• заданное описание локализации - цитоплазма
• выбранный термин GO и его идентификатор - cytoplasm, GO:0005737
• название онтологии GO и его перевод на русский - cellular component (компонент клетки)
• определение термина - Содержимое всей клетки кроме ядра и циоплазматической мембранны.

 

Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO

В БД Swiss-Prot нашли описание белка GUC2D_HUMAN (Q02846), затем акцентировали внимание только на строках ассоциированных в GO. В данной таблицы приведены данные о белке:

	Онтология GO (название словаря)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	Cellular component	2	цитоплазматическая мембрана(встроен), ядерная мембрана
Зачем, для чего?	Biological process	6	биосинтез цГМФ, фосфорилирование белков, рецептор гуанилциклазы
Молекулярный механизм?	Molecular function	5	связывание белков, активация протеинкиназы
Специфичность?	Molecular function	2	связывание АТФ, взаимодействие с гуанилциклазой

Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в UniProt с помощью SRS)

Задание

Оценить, насколько хорошо аннотированы в UniProt функции белков конкретной группы (группа задаётся организмом и локализацией).

Протеом <Sus scrofa>. Результаты поиска в UniProt, 23.05.2009 г.

	Количество записей	Запрос
Всего из данного организма	1348	(([swissprot-Organism:sus*] & [swissprot-Organism:scrofa*]) | [swissprot-Organism:sus scrofa*])
С идентификаторами всех трёх онтологий GO	870	(((([swissprot-Organism:sus*] & [swissprot-Organism:scrofa*]) | [swissprot-Organism:sus scrofa*]) & ([swissprot-DbName:GO*] > parent )) & ((([swissprot-DBxref:F:*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) > parent ))
В том числе (белки цитоплазмы)	119	(((([swissprot-Organism:sus*] & [swissprot-Organism:scrofa*]) | [swissprot-Organism:sus scrofa*]) & [swissprot-DBxref_:GO:0005737*]) & ((([swissprot-DBxref:F:*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) > parent ))
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS)	3	((((([swissprot-Organism:sus*] & [swissprot-Organism:scrofa*]) | [swissprot-Organism:sus scrofa*]) & [swissprot-DBxref_:GO:0005737*]) & (([swissprot-DBxref_:F:*] & [swissprot-DBxref_:P:*]) & [swissprot-DBxref_:C:*])) & (([swissprot-DBxref_:EXP*] | [swissprot-DBxref_:IDA*]) | [swissprot-DBxref_:TAS*]))
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS)	0	код EXP не встречается ни у одного белка из выборки

 

  Функции белков цитоплазматической группы данного организма аннотированы хорошо, т.к. существует целых 119 из 1348 белков имеющих идентификаторы всех трёх онтологий GO, надо учесть что цитоплазматические белки - это всегда какая-то часть от всего протеома, и ещё количество белков данной группы имеющих хотя бы один идентификатор онтологий GO в разы больше.