Предсказание генов в участке генома бактерии

Вариант 1

1. Предварительные действия.

Анализ неаннотированного фрагмента (4000 нукл.), извлечённая из генома бактерии Yersinia intermedia, координаты:56001--60000.
Команда: seqret AALF01000001.embl -sask
Индексирование протеома Salmonella typhimurium, для последующей работы с помощью программ пакета BLAST. выбрана программа BLASTX, т.к. пробная посл-ть нуклеотидная, а тип данных для сравнения - белковая, BLASTX часто используется для анализа новых нукл. посл-ей.
Команда: formatdb -i salty_proteome.fasta -p T -n st
Работа программы BLAST, сравнение исследуемого участка с аннотированным геномом Salmonella typhimurium.
Команда: blastall -p blastx -d st -i aalf01000001.fasta -o gomol.txt -e 0.001

2. Исследование полученного файла (gomol.txt)

Были рассмотрены результаты с E-value < 0.001, список найденных генов (многие из к-х перекрываются):

Q8Z14, FABG, Q7CQR1, Q7CQ36, FABD, UCPA, Q8ZK23, Q8ZM99, Q8ZNM5, Q8ZP72, Q8ZR30, YDFG, Q8ZM09, ACP, Q8ZMK0, Q7CQG2, FABI, Q7CR11, ILVE.

Выбраны неперекрывающиеся наилучшие гомологи генома Yersinia intermedia:
FABD,FABG,ACP,Q8ZQ14,Q7CQR1 (перечислены в порядке следования в геноме). Соответствие между ID и AC найденных белков.


 ID         AC

FABD   -  085140
FABG   -  P0A2C9
ACP    -  P0A6B1
Q8ZQ14 -  Q8ZQ14
Q7CQR1 -  Q7CQR1

Гипотетические гены во фрагменте 56001-60000


3'---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------5'

5'-- [=>ген FABD, 56001..56316]-- [=>ген FABG, 56338..57069] -- [=>ген ACP, 57229..57456] --[=>ген Q8ZQ14, 57584..58795] -- [=>ген Q7CQR1, 59108..59902] --3'

   С помощью SRS удалось найти запись EMBL, в которой перечислины гены Salmonella typhimurium, расположенные в соответствии со схемой (см.ниже), предполагается, что в нашей последовательности содержаться эти гены и только они.
использована команда:
_{(((([libs={uniprot swissprot sptrembl}-AccNumber:085140*] |
[libs={uniprot swissprot sptrembl}-AccNumber:P0A2C9*]) | [libs={uniprot swissprot sptrembl}-AccNumber:P0A6B1*]) |
[libs={uniprot swissprot sptrembl}-AccNumber:Q8ZQ14*]) | [libs={uniprot swissprot sptrembl}-AccNumber:Q7CQR1*])}

Взаимное разположение:

_{5'--
[=>ген fabD, 1028..1969] -- [=>ген fabG, 1972..2716] --
[=>ген acpP, 2856..3108] -- [=>ген fabF, 3181..4435] -- [=>ген pabC, 4548..5368] --3'}

   Очевидно, что гены в Salmonella typhimurium и фрагменте Yersinia intermedia расположены взаимно одинаково, это говорит о том, что организмы достаточно родственны, сходное расположение говорит о том, что эти находки можно рассматривать непосредственно как гены Yersinia intermedia.