Работа с системой PubMed

Поиск публикаций о белке Phosphate binding protein pstS

Изучим поисковую систему PubMed:
найдем статьи, в которых упоминается название белка Phosphate binding protein Psts. В результате найдено 74 статьи.

Предоставляю возможность ознакомиться с аннотацией одной из статей: Expression of the pstS gene of Streptomyces lividans is regulated by the carbon source and is partially independent of the PhoP regulator.

Одним из автором этой статьи является Santamaria RI. За последние 3 года был одним из авторов еще 3 опубликованных статей(т.е. всего 4 за период 2006-2009гг.)

MeSH

Теперь интересно узнать, как работает эта поисковая система, точнее, как она распознает именно то, что мы хотим найти.

Для этого, найдем статьи об опоясывающем лишае, набрав в поисковой строке разговорное "shingles". Поиск выдал 11187 статей.

Как же система распознала?

Дело в том, что в PubMed есть MeSH, который эту функцию и выполняет. Согласно MeSH опоясывающий лишай есть "herpes zoster", но можно ввести ("herpes" и "zoster") или же "shingles". Результат составил 11187 статей.
Скажем, многовато, даже для того, чтобы просмотреть заголовки. Ограничим поиск тем, чтобы статьи были только на английском и русском языках, и название заболевания упоминалось в заголовке статьи. PubMed выдал 204 статьи, с которыми можно работать.
Здесь первая страница с результатами поиска.

Продолжим далее изучение PubMed.

Кровотечение из носа при гипертонии

Теперь найдем публикации о кровотечении из носа при гипертонии. В результате - 192 статьи. При запросе [nosebleed] and [hypertension] MeSH распознал "nosebleed" как "epistaxis".

Генетически модифицированная еда

При запросе "genetically modified food" PubMed выдает 2397 статей. Если же ограничить поиск наличием искомой фразы в заголовке, то результат составил 95 статей.
Аннотации статей в файле query_add2.txt.
Интересно, что при поиске справа PubMed предлагает также ссылки на статьи, в которых обсуждается безопасность, выгода, риск и влияние генетически модифицированной еды.

Боль зуба мудрости

По запросу "wisdom tooth pain" PubMed нашел 832 статьи. Снова ограничив поиск наличием фразы в заголовке, получаем 5 статей, чьи аннотации можно найти в файле tooth.txt MeSH распознает "wisdom tooth pain", как ("molar, third"[MeSH Terms] OR ("molar"[All Fields] AND "third"[All Fields]) OR "third molar"[All Fields] OR ("wisdom"[All Fields] AND "tooth"[All Fields]) OR "wisdom tooth"[All Fields]) AND ("pain"[MeSH Terms] OR "pain"[All Fields]).
Определение термина "Molar, third" из MeSH: The aftermost permanent tooth on each side in the maxilla and mandible (Ближайший к корме коренной зуб на каждой стороне верхней и нижней челюсти).

Если воспользоваться функциями PubMed, то можно, ограничив поиск до ("Molar, Third"[Majr] AND "Tooth"[Mesh]) AND "Pain"[Mesh], получить в результате 306 статей.
Аннотации найденных статей в файле abstract_add3.txt

Еще некоторые функции PubMed

Найдем, например, информацию о сердечных болезнях(heart disease).
Но ограничим запрос в разделе Limits возрастом, например, дети дошкольного возраста (3-5 лет), а также, чтобы дата публикации была не ранее 2009 года. Результат поиска составил 61 статью.