Электронная плотность

1. Работа с записью 2B5A.

   Электронная плотность в файле 2B5A.omap
   Глутамин 21 цепи С имеет 2 альтернативные конформации. На рисунке 1 показана структура глутамина 21 цепи С и
   поверхности уровней 1(желтый) и 0.5(белый) электронной плотности.

   
   Рисунок 1.

   Заметно, что электронная плотность между атомами CD и CG одной конформации отличается(меньше), что, вероятно, значит, что эта конформации при определении структуры встречалась реже.

   На рисунке 2 показан глутамин 21 цепи D с единственной конформацией.

   
   Рисунок 2

2. Работа с записью 1A40.

   Электронная плотность в файле 1a40.omap
   

   Был выбран остаток глутамина 128. Ниже его изображение и визуализация электронной плотности уровней 1 и 0.5.
   На рисунке 3 электронная плотность визуализирована командой isomesh, на рисунке 4 - isodot.

   
   Рисунок 3

   
   Рисунок 4

   Можно видеть, что структура визуально плохо соотвествует своей электронной плотности.
   Наиболее часто в этой записи можно видеть случай, изображенный на рисунке 5 на примере фенилаланин 143,
   когда электронная плотность сильно стянута с аминокислотного остатка.

   
   Рисунок 5