По представленному пространственному выравниванию построим выравнивание этих же последовательностей белков с помощью GeneDoc,
для чего возьмем, конечно же, последовательности этих белков в fasta-формате:
Chain A
Chain B
Выравнивание в GeneDoc:
Файл в формате MSF
Как известно, выравнивание этих же белков можно построить программой NEEDLE.
3 1 ESYYSIGEVSKLANVSIKALRYYDKIDLFKPAYVDPDTSYRYYTDSQLIH 50 ..|.:.:|::::.|||:.|.:||.|:|..|:.: .|..||.|:|:.|.. 4 1 -MKYQVKQVAEISGVSIRTLHHYDNIELLNPSAL-TDAGYRLYSDADLER 48 3 51 LDLIKSLKYIGTPLEEMKKAQD-LEMEELFAFYTEQERQIREKL---DFL 96 |..|...|.||..|:|:|:..| ...:...|..:::|..:::|. :.: 4 49 LQQILFFKEIGFRLDEIKEMLDHPNFDRKAALQSQKEILMKKKQRMDEMI 98 3 97 SALEQTISLVKKRMKRQMEYPA 118 ..:::|:..|. 4 99 QTIDRTLLSVD----------- 109
В целом, можно сказать, что эти выравнивания похожи, но в данном случае нам важно, что они не идентичны.
needle не учитывает H71 в цепи B пространственно лучше подходит, чем D70, аналогично D37 в цепи А лучше Р38.
Также вместо консервативной пары Q-Q needle получил E-E, не найдя при этом консервативные остатки QTI (99-101 в цепи В).
Еще один недостаток, это наличие довольно длинного гэпа, без которого, как показывает пространственное выравнивание, можно обойтись.
Из всего этого можно сделать вывод, что математически правильное выравнивание даже с хорошим весом не всегда биологически верное, а, значит,
для более правильного суждения о возможной гомологичности белков необходимо иметь пространственную структуру этих белков.