Характеристики PDB-файла; биологические единицы

1. Технические характеристики записи 1A40:
   • Разрешение: 1.70 Å
   • Число рефлексов: 33200
   • Полнота (процент рефлексов с расширением ниже указанного) 92.3 %
   • R-фактор 0.203
   • Свободный R-фактор и процент рефлексов, использованных для его вычисления: 0.269 и 10.000 %
   • Кристаллографическая группа и тип симметрии: P 21 21 21
   • Длины векторов a, b, c (базисных периодов кристаллографической решетки): 41.410 62.760 122.730
   • Ортогональность базисных векторов: ортогональны (90.00 90.00 90.00 )
   • Совпадение абсолютной системы координат с депонируемой: совпадает

     ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
     ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
     ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000                         

   • Совпадение биологической единицы с ассиметрической единицей: совпадает

     BIOLOGICAL UNIT: MONOMERIC                         
     REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A                                     
     REMARK 350   BIOMT1   1  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
     REMARK 350   BIOMT2   1  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
     REMARK 350   BIOMT3   1  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
     

   • Атомы с коэффициентом заполнения меньше 1 отстутствуют

2. Относительные координаты Сα-атомов белка.

   Матрица перехода в относительные координаты:

   SCALE1      0.024149  0.000000  0.000000        0.00000                         
   SCALE2      0.000000  0.015934  0.000000        0.00000                         
   SCALE3      0.000000  0.000000  0.008148        0.00000                         
   

   Выбран атом:

   1  N   GLU A   1      19.652   2.684  32.785

   Его относительные координаты:

                          0.475   0.043   0.267

3. С сервера PDBe были скачаны файл с ассиметрической единицей 1QP7.pdb и файл с биологической единицей 1QP7_1.mmol записи 1QP7.

   На рисунке 1 изображение асимметрической единицы.

   
   Рисунок 1. Асимметрическая единица записи 1QP7

   На рисунке 2 - биологическая единица той же записи.

   
   Рисунок 2. Биологическая единица записи 1QP7

   Как можно видеть, асимметрическая единица состоит из одной белковой цепи и одной цепи ДНК. Биологическая структура содержит вдвое больше этих же структур, соответственно, вдвое больше ДНК-белковых взаимодействий, поэтому, имея только данные об асимметрической единице, невозможно получить полную информацию об этом комплексе.