Поисковые системы

Сравнение поисковых систем

На примере результатов поиска белка PSTS_E.coli в системах MRS, SRS, UniProt сравним их.

Первое, что можно отметить, это то, что в SRS затруднен выход на нужную поисковую страничку, в остальных системах поиск можно начинать, находясь на главной странице.

Что касается представления пользователю данных, то системы очень похожи: все систематизировано, доступно и понятно. Но все же есть некоторые различия. Например, в MRS нет наглядного представления вторичной структуры белка, в отличие от SRS, где, на мой взгляд, она показана наиболее удачно, и UniProt.

Еще одно заметное отличие заключается в том, что в SRS последовательность в fasta-формате совершенно не разделена, в MRS не пронумерованы аминокислоты, но явно разделены, а в UniProt представлена наиболее удобная форма: аминокислоты пронумерованы и разделены.

Возможности SRS банка SwissProt

На странице с описанием поля "Taxonomy", пользуясь возможностями этой страницы, можно определить:

названия таксонов, начинающихся на "gam":

gambusia

gammaherpesvirinae

gammapapillomavirus

gammaproteobacteria

gammaretrovirus

gammaridea

Английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии" - "gammaproteobacteria"

Количество записей в банке SwissProt, описывающих белки из гамма-протеобактерий: 83513 записей( запрос Gammaproteobacteria*)

Запросы
Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
phosphate import	([swissprot-AllText:gammaproteobacteria] & [swissprot-AllText:phosphate import])	83
phosphate transporter	([swissprot-AllText:gammaproteobacteria] & [swissprot-AllText:phosphate transporter])	7
phosphate transport	([swissprot-AllText:Gammaproteobacteria] & [swissprot-AllText:Phosphate transport])	133

Воспользуемся результатами поиска по запросу ([swissprot-AllText:gammaproteobacteria*] & [swissprot-AllText:phosphate import*]), сохраним найденные последовательности аминокислот в fasta-формате.

Medline

Поэкспериментируем с банком Medline.

Поиск статей последних 2-3 лет, в аннотациях которых упоминается белок Psts.
В результате, по запросу ([medline-Abstract:Psts*] & [medline-Year#2007:2009]) найдено 59 статей.

Поиск статей 1970-х годов, среди авторов которых есть Нейфах А.А.
По запросу ([medline-Authors:Neif**,A.A.*] & [medline-Year#1970:1979]) Medline выдал 9 статей. Судя по некоторым аннотациям - большинство недоступно - этот автор публикует статьи об РНК в эмбрионах различных организмах (например, морской еж), синтезе и терморегуляции белков.