Задача исследовать контакты между белком и нуклеиновой кислотой.
Заданный файл PDB(1tup) был скачан с сайта PDB. В структуре имеется двухцепочечная молекула ДНК (по 21 нуклеотид в каждой цепи) в комплексе с белком P53.
Таблица. Контакты разного типа в комплексе TUMOR SUPPRESSOR(подавляющий опухоль) P53 с ДНК
Полярные | Гидрофобные | Всего | |
Контакты белка с ... | |||
... остатками 2'-дезоксирибозы | 2 | 8 | 10 |
... остатками фосфорной кислоты | 7 | 0 | 7 |
... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 3 | 6 | 9 |
... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
Как видно, большая часть контактов белка и ДНК - гидрофобные, причем преимущественно с остатками дезоксирибозы. Однако
остатки дезоксирибозы образуют также водородные связи с полипептидной цепью. Но наиболее важную роль в образовании водородных
связей играют остатки фосфорной кислоты.
Остатки азотистых оснований малой бороздки, в отличие от большой, контактов
с белком не образуют. Остатки азотистых оснований со стороны большой бороздки, в свою очередь, играют немаловажную роль
в формированиии комплекса белка с ДНК, как за счет полярных, так и за счет гидрофобных взаимодействий.
Скрипт файл для работы в Rasmol script.spt.
P53 MSF: 7 Type: P Sat Nov 10 20:53:41 2007 Check: 00 .. Name: P53_ONCMY/83-278 Len: 198 Check: 10 Weight: 1.00 Name: P53_BRARE/63-257 Len: 198 Check: 10 Weight: 1.00 Name: P53_HUMAN/95-289 Len: 198 Check: 10 Weight: 1.00 Name: P53_XENLA/69-264 Len: 198 Check: 10 Weight: 1.00 Name: P53_ORYLA/80-270 Len: 198 Check: 10 Weight: 1.00 Name: P73_HUMAN/113-309 Len: 198 Check: 10 Weight: 1.00 Name: Q27937_LOLFO/120-314 Len: 198 Check: 10 Weight: 1.00 // P53_ONCMY/83-278 STVPTTSDYP GALGFQLRFL Q.SSTAKSVT CTYSPDLNKL FCQLAKTCPV P53_BRARE/63-257 STVPETSDYP GDHGFRLRFP Q.SGTAKSVT CTYSPDLNKL FCQLAKTCPV P53_HUMAN/95-289 SSVPSQKTYQ GSYGFRLGFL H.SGTAKSVT CTYSPALNKM FCQLAKTCPV P53_XENLA/69-264 CAVPSTDDYA GKYGLQLDFQ Q.NGTAKSVT CTYSPELNKL FCQLAKTCPL P53_ORYLA/80-270 TTVPVTTDYP GSYELELRFQ K.SGTAKSVT STYSETLNKL YCQLAKTSPI P73_HUMAN/113-309 PVIPSNTDYP GPHHFEVTFQ Q.SSTAKSAT WTYSPLLKKL YCQIAKTCPI Q27937_LOLFO/120-314 PSVPSNIKYP GEYVFEMSFA QPSKETKSTT WTYSEKLDKL YVRMATTCPV P53_ONCMY/83-278 QIVVDHPPPP GAVVRALAIY KKLSDVADVV RRCPHHQSTS ENNEG.PAPR P53_BRARE/63-257 QMVVDVAPPQ GSVVRATAIY KKSEHVAEVV RRCPHHERTP DGDN..LAPA P53_HUMAN/95-289 QLWVDSTPPP GTRVRAMAIY KQSQHMTEVV RRCPHHERCS D.SDG.LAPP P53_XENLA/69-264 LVRVESPPPR GSILRATAVY KKSEHVAEVV KRCPHHERSV EPGED.AAPP P53_ORYLA/80-270 EVRVSKEPPK GAILRATAVY KKTEHVADVV RRCPHHQNED S.....VEHR P73_HUMAN/113-309 QIKVSTPPPP GTAIRAMPVY KKAEHVTDVV KRCPNHELGR DFNEGQSAPA Q27937_LOLFO/120-314 RFKTARPPPS GCQIRAMPIY MKPEHVQEVV KRCPNHATAK EHNEK.HPAP P53_ONCMY/83-278 GHLVRVEGNQ RSEYMEDGNT LRHSVLVPYE PPQVGSECTT VLYNFMCNSS P53_BRARE/63-257 GHLIRVEGNQ RANYREDNIT LRHSVFVPYE APQLGAEWTT VLLNYMCNSS P53_HUMAN/95-289 QHLIRVEGNL RVEYLDDRNT FRHSVVVPYE PPEVGSDCTT IHYNYMCNSS P53_XENLA/69-264 SHLMRVEGNL QAYYMEDVNS GRHSVCVPYE GPQVGTECTT VLYNYMCNSS P53_ORYLA/80-270 SHLIRVEGSQ LAQYFEDPYT KRQSVTVPYE PPQPGSEMTT ILLSYMCNSS P73_HUMAN/113-309 SHLIRVEGNN LSQYVDDPVT GRQSVVVPYE PPQVGTEFTT ILYNFMCNSS Q27937_LOLFO/120-314 LHIVRCEHK. LAKYHEDKYS GRQSVLIPHE MPQAGSEWVV NLYQFMCLGS P53_ONCMY/83-278 CMGGMNRRPI LTIITLETQE GQLLGRRSFE VRVCACPGRD RKTEEINL P53_BRARE/63-257 CMGGMNRRPI LTIITLETQE GQLLGRRSFE VRVCACPGRD RKTEESNF P53_HUMAN/95-289 CMGGMNRRPI LTIITLEDSS GNLLGRNSFE VRVCACPGRD RRTEEENL P53_XENLA/69-264 CMGGMNRRPI LTIITLETPQ GLLLGRRCFE VRVCACPGRD RRTEEDNY P53_ORYLA/80-270 CMGGMNRRPI LTILTLET.E GLVLGRRCFE VRICACPGRD RKTEEESR P73_HUMAN/113-309 CVGGMNRRPI LIIITLEMRD GQVLGRRSFE GRICACPGRD RKADEDHY Q27937_LOLFO/120-314 CVGGPNRRPI QLVFTLEK.D NQVLGRRAVE VRICACPGRD RKADEKAS