Разными цветами отмечены области ортологов. При этом друг относительнодруга они являются паралогами. Парами разноцветных точек отмечены паралоги. Знак вопроса рядом с белком из Danio означает, что мы не можем точно сказать ортолог он или паралог относительно других групп. Две соседние ветки ведущие к генам курицы, я вляются паралогами. Знак вопроса означает, что мы не можем однозначно судить какая из веток принадлежит к области ортологов.

На данном русунке изображено филогенетическое дерево некоторых архей и бактерий. Все белки данного дерева являются ортологами. Голубыми областями отмечены группы архей, а жёлтыми бактерий. Из классификации организмов, взятой с сервера NCBI видно, что бактерии, в отличие от архей объединяются в области по типам. Особенностью данного дерева является то, что группы белков принадлежащих к разным надцарствам перемешаны между собой и создаётся впечатление, что некоторые из бактериальных белков ближе к белкам архей. Вероятно этот феномен могбыть связан с параллельным переносом.