На главную страницу второго семестра.

Отчет по работе с БД InterPro

Описание документа InterPro.


Для описания выбран документ InterPro IPR001048 (аспартат/глутамат/уридилаткиназа), содержащий две подписи, которым соответствуют 2149 белка. Данные документа приведены ниже:
  1. Идентификатор документа: IPR001048
  2. Полное название документа: IPR001048 Aspartate/glutamate/uridylate kinase
  3. Общее количество белков, в которых обнаружен данный домен: 2149

Документ находится в отношениях вложенности (found in) со следующими подписями: 

IPR001341 Aspartate kinase region 
IPR003964 Bacterial carbamate kinase 
IPR005260 Aspartate kinase, monofunctional class 
IPR010167 Amino-acid N-acetyltransferase (ArgA) 
IPR011147 Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase I 
IPR011243 N-acetylglutamate synthase, animal 
IPR011246 Bifunctional diaminopimelate decarboxylase/aspartate kinase 
IPR011375 Amino acid kinase predicted 
IPR011817 Uridylate kinase 
IPR011818 Uridylate kinase, putative 
IPR011819 Pyrococcus aspartate kinase subunit, putative 
IPR012065 Fosfomycin resistance kinase FomA
IPR012150 Aspartate kinase

В отношении родства документ находится со следующими подписями: 

IPR001057 Glutamate 5-kinase 
IPR004662 Acetylglutamate kinase

Дерево выглядит следующи образом:


По дереву видно, что документ IPR001048 является более общим, так сказать, "предковым" к двум записям IPR001057 и IPR004662, домены которых по сути являются более специализированными формами по отношению к домену Aspartate/glutamate/uridylate kinase. Действительно, различия сводятся лишь а)к сайту фосфорилирования (IPR001057 - это глутамат-5-киназа); б)специфический субстрат (IPR004662 - это ацетилглутаматкиназа).

Описание подписей в белке ARGB_ECOLI, собранных в базе данных InterPro.


Все подписи в белке ARGB_ECOLI изображены на рис. 1. Информацию о подписях см. в табл. 1.


Рис. 1. Изображение подписей в белке GLMS_ECOLI (по данным InterPro).

Табл.1. Информация о подписях в белке ARGB_ECOLI. Информация взята с сайтов: InterPro, Pfam, SUPERFAMILY, TIGR, PIR.

Название подписи
Положение в последовательности ARGB_ECOLI
Полное название базы данных
Название организации, поддерживающей базу данных
Страна и город

AA_kinase
3 - 236
Pfam
Wellcome Trust Sanger Institute
Великобритания, Кембридж

Aa_kinase
1-258
Superfamily HMM library and genome assignments server
European Bioinformatics Institute, MRC Laboratory of Molecular Biology, Stanford University (сервер поддерживают трое человек из разных организаций)
Великобритания, Кэмбридж; Великобритания, Хинкстон; США, Стэндфорд

argB
4-234
TIGR-CMR
The Institute for Genomic Research - Comprehensive Microbial Resource
США, Роквилл

NAGK
1-258
Protein Information Resource
PIR
США, Вашингтон

©Володя Рудько