Метод определения вторичной структуры:
Для определения вторичной структуры белка использовался алгоритм программы RASMOL: использовалась команда COLOR STRUCTURE после чего по полученному изображению определялась последовательность α–спиралей и β–тяжей и также данные PDB–файла.
Условные обозначения:
Желтые стрелки: β–тяжи.
Фиолетовые прямоугольники: α–спирали.
S=strand: β–тяж.
H=helix: α–спираль.
РИС 2.Вид с торца.
Символ ХN, где Х = Н или S, N = 1,2,...n показывает тип вторичной структуры (α–спираль или β–тяж соответственно),
цифра (1,2,....n) — номер в последовательности вторичной структуры.
Буквы C, N обозначают соответственно карбоксильный и аминный концы белка.