Филогенетические деревья.

На главную страницу четвертого семестра

Кроме jackknife также используют bootstrap.
Итак, программой jackknife был создан бутстреп-анализ выравнивания 
мутированных последовательностей.
   fseqboot leaf.fasta -test j 
Результат программы jackknife отличается от результата bootstrap 
программы. Это и следовало ожидать, т.к. алгоритмы у этих программ различны.
Результат программы jackknife.

                       +-------------D
                +100.0-|
                |      |      +------F
         +100.0-|      +-95.0-|
         |      |             +------E
  +------|      |
  |      |      +--------------------A
  |      |
  |      +---------------------------C
  |
  +----------------------------------B

            

Ветви дерева остались такими же.

Программа fretree.
На вход программе fretree был подан файл со скобочной формулой 
дерева, восстановленного методом Neighbor-joining: 

 fretree 6 nomy.fasta 

Программа предложила ввести однобуквенную команду или вызвать справку.
Команда "М" переукоренила дерево в среднюю точку. 
Далее программа записала дерево в указанный файл.
Результат программы fretree.

                                              ,-----------------------------1:A
                              ,--------------10
                              !               !     ,-----------------------2:B
                   ,----------9               `----11
                   !          !                     `-----------------------3:C
  ,----------------8          !
  !                !          `---------------------------------------------4:D
--7                !
  !                `--------------------------------------------------------5:E
  !
  `-------------------------------------------------------------------------6:F
 
Изображение переукорененного дерева как филограммы (phenogram),
ориентированной вправо. Программа fdrawgram. 

Для построения данного изображения необходимо было выполнить команду:
 
  fdrawgram -style p nomy.fasta , где параметры style  и р указывают на
филограмму.

Результат:

            

Восстанавливание методом максимального правдоподобия (программой fdnamlk) 
предковой последовательности для мутированных последовательностей и 
сравнение её с реальной предковой последовательностью. 

Программа fdnamlk.

fdnamlk -sequence leaf.fasta -ttratio 0.5 -hypstate y, где
-ttratio 1  - это отношение транзиций к трансверсиям = 1, 
-hypstate y - восстановление предковой последовательности (y=yes). 

  Реальная и реконструированная последовательности идентичны на 54%. 


©Трембицкая Влада