PSI-BLAST.

На главную страницу второго семестра

Поиск гомологов белка LGB1_LUPLU (P02239) в БД SwissProt.
  
   Параметры программы blastp: 
 учет особенностей аминокислотного состава (Compositional adjustments);
 фильтр на области низкой сложности;
 максимальное значение E-value;
 максимальное количество находок - 1000 (Number of Descriptions ). 



        

           
          Кол-во
          E-value лучшей находки
          Название лучшей находки (ID )
          % идентичности
          Длина выравнивания
        

        

          Всего находок
          100
          5e-82
          LGB1_LUPLU 
          100%
          154
        

        

          В бактериях (Bacteria)
          36
          1e-06
          HMP_RHIME 
          29%
          117
        

        

          В Escherichia coli K-12
           
           
           
           
           
        

        

          В животных(Metazoa)
          26
          2e-06
          NGB_BRARE
          25%
          141
        

        

          В человеке
          3
          5.8
          CRNL1_HUMAN 
          28%
          78
        

      

     Не удалось обнаружить гомологов среди белков кишечной палочки.


Итерационный поиск гомологов LGB1_LUPLU (P02239) в БД SwissProt с 
помощью программы PSI-BLAST.
 
 Параметры программы PSI-BLAST: 
 учет особенностей аминокислотного состава (Compositional adjustments);
 фильтр на области низкой сложности;
 максимальное значение E-value;
 максимальное количество находок - 1000 (Number of Descriptions ). 



        
 
           
            
Номер итерации

          		
           
            
Бактерии

            

            

          		
           
            
Животные

            

            

          		
           
            
Характеристика лучшей находки среди белков 

          		
        

        
 
           
            
Escherichia coli, K-12

          		
           
            
Homo sapiens sapiens

          		
        

        
 
           
            
Кол-во

          		
           
            
Новые

          		
           
            
Кол-во

          		
           
            
Новые

          		
           
            
Название

          		
           
            
E-value

          		
           
            
% идентичности

          		
           
            
Длина выравнивания

          		
           
            
Название

          		
           
            
E-value

          		
           
            
% идентичности

          		
           
            
Длина выравнивания

          		
        

        
 
           
            
1

          		
          21
          +
          5
          +
           
           
           
           
          CRNL1_HUMAN 
          5.8
          28%
          78
        

        
 
          
            
2

          		
          39
          +
          332
          +
          HMP_ECO57
          1*10-29
          20%
          148
          NGB_HUMAN
          2*10-19
          21%
          143

        

        
 
           
            
3

          		
          38
          -
          879
          +
          HMP_ECO57 
          6*10-28
          20%
          148
          HBG2_HUMAN 
          8*10-45
          18%
          150
        

        
 
          
            
4

          		
          38
          -
          884
          +
          HMP_ECO57 
          2*10-22
          20%
          143
          HBE_HUMAN 
          5*10-54
          17%
          154
        

        
 
          
            
5

          		
          38
          -
          884
          -
          HMP_ECO57
          2*10-22
          20%
          143
          HBE_HUMAN 
          5*10-54
          17%
          154
        

        
         
      

Примечание.
  Новые: 
"+" означает, что на данной итерации появились новые гомологи,
"-"означает, что на данной итерации новых гомологов не появилось


Наблюдения.

1.    Для решения каких задач нужно использовать PSI-BLAST?
PSI-BLAST нужно использовать для поиска далёких гомологов белка, таких 
что некоторые участки последовательности в них остались неизменными в 
связи с выполняемой функцией, а другие участки могли сильно измениться 
в ходе эволюции.

2.    Что представляет собой первая итерация PSI-BLAST?
Т.к мы использовали одни и те же параметры в PSI-BLAST и в BLASTP, то
первая итерация PSI-BLAST представляет собой поиск гомологов по BLASTP.
А вообще первая итерация представляет собой поиск BLAST без помощи профилей.

3.    Что удалось найти, по Вашему мнению, в результате упражнения №2? 
В результате второго упражнения нам удалось найти всех гомологов, 
в которых сохранилась лишь некоторые  участки связанные с определённой 
функцией, а другие в процессе эволюции сильно изменились.

4.    Что происходило с "лучшими находками" на разных итерациях? 
Предложите объяснения.
На разных итерациях происхот изменение E-value, что вызвано различием профилей,
используемых при поиске гомологов при каждой итерации, причём 
этот параметр сначала сильно уменьшается (во втором случае по сравнению с 
первым), поскольку в первый раз профиль не использовался. Затем E-value немного
увеличивается из-за расширения выборки за счёт не найденных ранее белков. 
    	




©Трембицкая Влада