В базе данных PROSITE собрана коллекция сайтов, мотивов и доменов. Они описаны с помощью профиля-НММ.
С помощью программы ScanProsite (Scan a protein for PROSITE matches) были найдено 26 известных мотивов в последовательности OmpF (P02931).
| Идентифи-катор паттерна (accession number) | Идентификатор документации PROSITE и краткое описание или название паттерна в соответствии с этим документом | Паттерн (регулярное выражение ) | Число мотивов, обнаруженных в белке |
| PS00001* | PDOC00001, сайт N-гликозилирования | N-{P}-[ST]-{P} | 5 |
| PS00005* | PDOC00005, сайт фосфорилирования протеинкиназой С | [ST]-x-[RK]. | 3 |
| PS00006* | PDOC00006, сайт фосфорилирования казеинкиназой | [ST]-x(2)-[DE]. | 2 |
| PS00007 | PDOC00007, Сайт фосфлирирования тирозина | [RK]-x(2,3)-[DE]-x(2,3)-Y. | 1 |
| PS00008* | PDOC00008, сайт N-миристоилирования | G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}. | 13 |
| PS00009* | PDOC00009, сайт амидирования | x-G-[RK]-[RK]. | 1 |
| PS00576 | PDOC00498, подпись поринов грам-отрицательных бактерий | [LIVMFY]-x(2)-G-x(2)-Y-x-F-x-K-x(2)-[SN]-[STAV]-[LIVMFYW]-V. | 1 |
Я выбрал паттерн [LIVMFY]-x(2)-G-x(2)-Y-x-F-x-K-x(2)-[SN]-[STAV]-[LIVMFYW]-V.
Следуя ему, я составил последовательность LVVGVVYVFVKVVSVVV