MRS (http://mrs.cmbi.ru.nl/mrs-web/),
SRS (http://srs.ebi.ac.uk/)
и поисковой машиной UniProt (http://www.uniprot.org/). Можно открыть в трёх окнах соответствующую запись SwissProt в трёх "дружественных" видах и сравнить:
| Особенности | MRS | SRS | UniProt |
| 1. Самая первая информация | Entry information: название, код доступа, появление, изменения в Swiss-Prot. Далее - Name and origin of the protein: включает название белка, гена, организма, таксономию и ключевые слова | General information: то же, + UniRef100, UniParc. Далее - Description and origin of the Protein: описание белка + синонимы, название гена, локус, в котором он расположен, название организма, таксономия, NCBI TaxID | Names and origin: название и происхождение - название белка, название гена, организм, таксономический идентификатор, таксономия; далее - атрибуты белка: длина последовательности, статус посл-ти, обработка последовательности, существование белка |
| 2. Дальнейшее построение | References (ссылки) | References (ссылки) | - |
| 3. | Комментарии, перекрёстные ссылки | Коментарии, перекрёстные ссылки, ключевые слова | Комментарии, ключевые слова, онтология гена |
| 4. Особенности | Включают длину и название цепи, активные центры, места нахождения неорганического лиганда (металл магний), место "конфликта", место "жилы" | Сжатые и расширенные характеристики, длину и название цепи, активные центры, места нахождения неорганического лиганда (металл магний), место "конфликта", места связок и поворотов, цепи | Включают длину и название цепи, активные центры, места нахождения неорганического лиганда (металл магний), место "конфликта" |
| 5. Преимущества в описании особенностей | При подведении курсора к наименованию особенности место её указывается на последовательности | Более подробное и полное описание особенностей | При нажатии на номер аминокислоты, причастной к особенностям, открывается отдельное окно с указанием на это место |
| 6. Заключение | Текст записи о белке завершается последовательностью его аминокислот | Текст записи о белке завершается последовательностью его аминокислот | Ссылки, перекрёстные ссылки, вводная информация, важные документы |
| В целом, системы MRS и SRS очень похожи между собой, более, чем на поисковую машину UniProt. Кажутся устроенными несколько логичнее. Однако в UniProt есть некоторые данные, которые в тех 2х системах не приводятся |
| Названия каких таксонов начинаются на "gam"? | класс Gammaproteobacteria
Pseudomonas aeruginosa - представитель |
Например:
Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Thiotrichales Francisellaceae Francisella |
| Каков английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии"? | Gammaproteobacteria | |
| Сколько в банке SwissProt записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий? | 83844 записи |
Запросы
| Формулировка функции белка | Строка запроса | Количество найденных документов |
| Преобразование SHCHC в OSB | Converts SHCHC to OSB & Gammaproteobacteria ((((([swissprot-AllText:Converts*] & [swissprot-AllText:SHCHC*]) & [swissprot-AllText:to*]) & [swissprot-AllText:OSB*]) | [swissprot-AllText:Converts SHCHC to OSB*]) & [swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*]) | 35 |
| Биосинтез менахинона | menaquinone biosynthesis & Gammaproteobacteria ((([swissprot-AllText:menaquinone*] & [swissprot-AllText:biosynthesis*]) | [swissprot-AllText:menaquinone biosynthesis*]) & [swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*]) | 266 |
| Биосинтез кофактора | Cofactor biosynthesis & Gammaproteobacteria
((([swissprot-AllText:Cofactor*] & [swissprot-AllText:biosynthesis*]) | [swissprot-AllText:Cofactor biosynthesis*]) & [swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*]) |
146 |
| Принадлежность к muconate lactonizing семейству ферментов |
muconate lactonizing
enzyme family & Gammaproteobacteria
((((([swissprot-AllText:muconate*] & [swissprot-AllText:lactonizing*]) & [swissprot-AllText:enzyme*]) & [swissprot-AllText:family*]) | [swissprot-AllText:muconate lactonizing enzyme family*]) & [swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*]) |
6 |