Элементарные эволюционные события

Оценка давления отбора на ген белка BTUB_ECOLI

Было предложено описать давление отбора на ген при помощи вычисления K_A/K_S в сравнении с его ортологом из Yersinia pestis. Id находки составил 55% - BTUB_YERPE. Получив последовательности белка и гена, были проведены соответствующие выравнивания: белковое и нуклеотидное. Сразу бросился в глаза в нуклеотидном выравнивании большой невыровненный участок гена из Yersinia pestis. Как оказалось, существуют расхождения в последовательности белка: в аннотации генома чумной палочки к последовательности белка (гена) прибавлен ещё небольшой кусок. Видимо при выделении генов, ген btuB был неверно распознан из-за неправильного выбора старт-кодона. Было принято именно это решение (а не то, что в SwissProt "забыли" этот участок) поскольку при проведении поиска blastp не было найдено гомологов этой начальной последовательности.
Внеся соответствующие изменения в ген, выравнивание было построено ещё раз. Теперь результат оказался лучше, но все же с небольшими отклонениями. Далее подбирались параметры needle. Уже при параметрах -gap opening: 20, -gap extension: 5 количество гепов соответствовало верному, однако лишь при параметрах (60,10) выравнивание в достаточной степени соответствовало белковому, кроме участка 350-365 (в белковом выравнивании по BTUB_YERPE). В этом участке имеется гэп в белке BTUB_YERPE и мне кажется, что он ошибочен и может быть компенсирован гэпом в белке BTUB_ECOLI взятым из тройного гэпа, который находится неподалеку. Заметим, что в нуклеотидном выравнивание этот участок выровнен таким образом, что остается лишь один двойной гэп. То есть, в данном случае необходимо изменять белковое выравнивание по нуклеотидному.

PAL2NAL строит (точнее сказать подстраивает) выравнивания с разбивкой на кодоны, используя уже построенное белковое выравнивание и последовательности генов. Также PAL2NAL рассчитывает значение K_A/K_S, что может быть очень полезным.
Загрузив все необходимое, сначала было получено пресловутое выравнивание по кодонам. Обнаружилось ещё одно полезное свойство программы: находить несоответствия между геном и белком (хотя смысл строки M does not correspond to atg остался для меня загадкой). Это выравнивание (его нуклеотидная часть) практически идентично построенному needle (ошибка - один гэп), что неудивительно после того как его "научили" строить верно.
Далее, отметив Yes в графах "Remove gaps, inframe stop kodons" и "Calculate Ka and Ks", получили значение K_A/K_S=0.0606. Вполне предсказуемо, что на ген btuB действует стабилизирующий отбор, поскольку усвоение витамина B₁₂ достаточно важная функция, которую необходимо закреплять в организме.