Программа BLASTP

На главную страницу второго семестра

Поиск белка DEOD_ECOLI по его последовательности
- (I) Поиск в банке swissprot.
  В выдаче мой белок оказался под номером 1.
  Score = 476 bits(1226(по алгоритму Нидельмана-Вунша)), E-value = 2e-134.
- (II) Поиск в банке pdb.
  Первая находка:
  PDB-код 1PW7,
  цепь C,
  Score = 476 bits(1226),
  E-value = 1e-135,
  Начало выравнивания во входной последовательности 1, конец 238.
  Начало выравнивания в находке 1, конец 238.
  Identity = 100%.
Поиск белка DEOD_ECOLI по его гомологу DEOD1_VIBCH
- При поиске по последовательности гомолога DEOD1_VIBCH
  мой белок оказался в выдаче под номером 12.
  Score = 388 bits(997), E-value = 7e-108, Identity = 80%.
  Начало выравнивания во входной последовательности 1, конец 238.
  Начало выравнивания в находке 1, конец 238.
- Первая последовательность в выдаче - та, которая была подана на вход.
Поиск белка по фрагментам его последовательности
- При поиске по последовательности, образованной из двух кусочков последовательности моего белка мой белок оказался в выдаче под номером 3.
  Было выдано два выравнивания(для каждого кусочка соответственно).
- Первое:
  Score = 30.8 bits(68), E-value = 0.92, Identity = 100%.
  Начало выравнивания во входной последовательности 11, конец 23.
  Начало выравнивания в находке 80, конец 92.
- Второе:
  Score = 30 bits(66), E-value = 1.6, Identity = 100%.
  Начало выравнивания во входной последовательности 1, конец 12.
  Начало выравнивания в находке 2, конец 13.
  Столь высокие значения E-value, вероятно, обьясняются тем, что длины выравниваний очень малы.