Пространственное выравнивание и совмещение

1. Пространственное выравнивание.

Координаты доменов в белках записей 1HY0 и 1I0A (цепи А):
CATH
1HY0A1 27-123 , 195-234
1HY0A2 124-194 , 235-364 , 437-463
1HY0A3 365-436

CATH
1I0AA1 27-123 , 195-234
1I0AA2 124-194 , 235-364 , 437-463
1I0AA3 365-436

Выравнивание доменов:

Первый домен. Координаты: 27-123 , 195-234. RMSD=0.371 Видно, что цепи несовпадают только в районе петли, в правой верхней части структуры.	Второй домен. Координаты: 124-194 , 235-364 , 437-463. RMSD=0.409. Цепи не совпадают в районе петли в верхней левой части структуры.	Третий домен. Координаты: 365-436. RMSD= 0.527. В третьем домене цепи совпадают хуже всего (относительно двух предыдущих), но все равно, это хороший результат.

В целом, выравнивание трех доменнов из двух белков, можно считать хорошим, потому что невысокие значения RMSD, и на рисунках видно, что структуры сильно совпадают.

2. Геометрическое ядро.

С помощью программы PDBeFOLD (она же SSM) было проведено структурное выравнивание цепи A из 1AKH и цепи A из 1W0T. Результатом была таблица:

И выравнивание:

Программа Geometrical core с прогом 2А нашла геометрическое выравнивание по данному выравниванию.

Далее в PyMOL с помощью команды pair_fit были совмещены структуры по CA-атомам (всего в совмещении участвовало 23 атома). Результат представлен на картинке (RMSD=0.865).	Команда align выдала такое совмещение (RMSD=1.34) :

Совмещение по CA-атомам двух цепей заметно лучше совмещения, которое проводилось с помощью программы PyMol. При использовании команды align значение RMSD оказалось хуже, чем при совмещении СА-атомов геометрических ядер. Так же нельзя не заметить, что структуры двух цепей при совмещении геометрических ядер наложены полностью друг на друга, в отличие от простого совмещения PyMol, где в итоге, сравнивалась только одна альфа спираль.