a) поверхности контакта мономера белка (цепь А) с симметричным мономером (цепь D) на фоне остовной модели мономера:
Голубым цветом покрашена цепь А, красным - молекула ДНК.
б) поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт:
Голубым цветом покрашена цепь А, желтым - цепь D
в) поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной модели двойной спирали:
С помощью сервиса PROTORP была найдена площадь контактов мономеров белка 2PUA, она равна 2570.24 A^2. Вклад неполярных атомов в поверхность - 44.18%, а вклад неполярных АО - 38.22%.
С помощью программы CluD были найдены гидрофобные кластеры на поверхности взаимодействия мономеров белка 2PUA. Ниже представленно изображение, где поверхность, относящаяся к атомам, входящим в найденные гидрофобные кластеры, выделена цветом.
Для моего белка 1OEE с помощью ресурса pDomains была определена только одна доменная структура всеми методами, кроме pdb.
Результат поиска представлен здесь .
Для рассмотрения более разнообразной доменной структуры я взяла белок 3iap (бета-галаксидаза). В этом белке 4 полипептидных цепи. Белок кодируется геном lacZ в E. coli.
Результат поиска доменов представленн здесь .
В белке есть пять доменов. Синий-красный-желтый-розовый-голубой - последовательность доменов с N-конса до С-конца. В целом, в структуре белка преобладают бета-тяжи, скаладывающиеся в бета листы. В "желтом" домене бета-лист окружен альфа-спиралями.
Поиск доменов для белка 2PUA.
Результат поиска представлен здесь .
Как видно, практически все методы, кроме SCOP и DDomen, показали, что в цепи А в белке 2PUA есть три домена. Методы pdb и dp выдали последовательное расположение доменов. хотя координаты в pdb и dp различаются.
Я брала координаты, выданные методом dp. Первый домен, окрашенный в синий цвет, имеет координаты 1-57; второй домен, зеленого цвета, - 58-157; а третий доме, красного цвета, имеет координаты 158-339.
Отличие от pdb заключается в том, что dp отнес спираль 47-57 к первому домену, а pdb уже ко второму. Во втором и тертьем домене есть по бета-листу, который окружен альфа-спиралями.
