Учебный сайтbr> Ромащенко Валерии

Качество структуры: PROCHECK, EDS, PDB_REDO.

I. Выдача программы PROCHECK . 

                                                                 No. of                       
                                                                 residues     %-tage 
                                                                  ------      ------ 
                         Most favoured regions      [A,B,L]          147       88.6%*
                         Additional allowed regions [a,b,l,p]         18       10.8% 
                         Generously allowed regions [~a,~b,~l,~p]      1        0.6% 
                         Disallowed regions         [XX]               0        0.0% 
                                                                    ----      ------ 
                         Non-glycine and non-proline residues        166      100.0% 
                                                                                     
                         End-residues (excl. Gly and Pro)              1             
                                                                                     
                         Glycine residues                             10             
                         Proline residues                              8             
                                                                    ----             
                         Total number of residues                    185
Процент остатков, попавших в предпочитаемые области на карте 88,6%, что ниже 90%, значит модель недотягивает до необходимого уровня доверия. Судя по карте Рамачандрана, модель не самая хорошая.

II. При запросе в сервере EDS и переходе по ссылке Significant regions было обнаружено, что нет остатков, имеющих большой Z-score по RSR.

III.
Показатель Неоптимизированныя структура Оптимизированная структура
R 0.1828 0.1806
R-free 0.2235 0.2183
σR-free 0.0065 0.0063
1st generation packing quality 0.005 0.023
2st generation packing quality -1.285 -0.944
Ramachandran plot appearance 0.582 0.782
Chi-1/Chi-2 rotamer normality -0.518 0.742
Backbone conformation 0.327 0.246
Bond length RMS Z-score 0.6 0.708
Bond angle RMS Z-score 0.728 0.729
Total number of bumps 14 26
Unsatisfied H-bond donors/acceptors 4 5
При оптимизиции улучшились многие параметры, например: R и R-free, которые оба стали меньше; общее значение для карты Рамачанлрана улучшилось; значительно улучилось значение углов хи. Однако изменилось в худшую сторону количество атомов, которые не образовали водородныхсвязей, хотя могли это сделать. Другими словами - в целом оптимизация структуры оказалась удачной.