Учебный сайт
Ромащенко Валерии

Ознакомление с поисковыми системами MRS, SRS и UniProt.

Из трех поисковых систем наиболее расположенной к работе мне показалась поисковая система MRS, так как в ней информация очень
четко разграничена и удобна распределена по экрану, что помогает ее наилучшему восприятию. Следущей я бы определила UniProt, а далее - SRS. Хотя надо отметить, что возможности SRS значительно облегчают поиск необходимого документа.

Возможности страницы Taxonomy.

1. Название таксонов, начинающихся на "gam":
Gambusa (видовое название)
Gammaherpesvirinae (название подсемейства)
Gammapapillomavirus (название рода)
Gammaproteobacteria (название класса)
Gammaretrovirus (название рода)
Gammaridea (название подотряда)
2. Английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии" - Gammaproteobacteria.
3. В банке SwissProt 83513 записей, описывающих белки из "гамма-протеобактерий".

Запросы.

Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
Metal-binding protein ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & (([swissprot-DESCRIPTION:metal-binding] & [swissprot-Description:protein]) | [swissprot-Description:metal-binding protein])) 1 (это оказался мой белок - Yoda_ecoli)
Cadmium-induced protein ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & (([swissprot-DESCRIPTION:cadmium-induced] & [swissprot-Description:protein]) | [swissprot-Description:cadmium-induced protein])) 1 (опять мой белок Yoda_ecoli)
Metal-binding protein ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & [swissprot-KEYWORDS:metal-binding]) 13117
May be involved in stress response. (Может вырабатываться при ответной реакции на стресс) ([swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria] & (([swissprot-AllText:stress] & [swissprot-AllText:response]) | [swissprot-AllText:stress response])) 1236
May be involved in stress response. (Может вырабатываться при ответной реакции на стресс). ([swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria] & [swissprot-AllText:stress response]) (в данном запросе я отметила фразу "stress response" кавычками, что сузило поиск.) 1147
Последовательности белков в формате fasta, найденных в последнем запросе.
Дополнительное задание.
1. В 2002 году в MEDLINE была опубликована одна статья, посвященная белку YODA_ECOLI. Запрос: [medline-AllText:p76344*].
2. В MEDLINE по запросу ([medline-Authors:NE?FA??,A.A.] & [medline-Year#1970:1979]) было найдено 18 статей, где А.А.Нейфах был автором или соавтором статей, опубликованных в 1970-е годы (был взят временной промежуток с 1970 по 1979 гг.). Одна из его статей называется "Steps of realization of genetic information in early development" ("Ступени реализации генетической информации на ранних этапах развития"), из чего можно сделать вывод, А.А.Нейфана интересовали способы, пути и методы передачи и реализации генетической информации в организмах, которые только начинают развиваться.

На главную


© Ромащенко 2008