Поиск нужного термина в словарях GO
Локализация: микротрубочки
Термин GO: microtubule идентификатор: GO:0005874
Онтология: cellular component(клеточный компонент)
Определение микротрубочек:
Длинные, в основном неизогнутые, полые трубочки. Внутренний диаметр 12-15 nm, внешний - 24 nm.
Обнаружены у многих эукариотических клеток. Микротрубочка обычно включает 13 протофиламентов из полимеризованного тубулина, расположенного
так, что мономеры образуют спираль; Микротрубочка существует в равновесии со свободным тубулином, быстро разбираясь и заново собираясь, в
ответ на физиологические стимулы. В основном проявляются при клеточном делении образуя веретено.
Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO
| |
Онтология GO (название словаря) |
Количество ассоциированных терминов GO |
Краткий ответ на вопрос |
| Где? |
Cellular Component |
2 |
в мембране |
| Зачем, для чего? |
Biological Process |
4 |
Синтез цГМФ и фосфорилирование аминокислот в белках - участие в сигнальном пути, регуляция кровяного давления |
| Молекулярный механизм? |
Molecular Function |
4 |
Гуанилат циклазная и протеин-киназная активность; связывание G-белка и АТФ |
| Специфичность? |
Molecular Function |
- |
Гуанилат циклаза |
Создание больших выборок белков с определенными функциями (поиск по идентификаторам GO в UniProt с помощью SRS)
Протеом Plasmodium falciparum. Результаты поиска в UniProt, 4.04.2009 г.
| |
Количество записей |
Запрос |
| Всего из данного организма |
13689 |
(([uniprot-Organism:Plasmodium*] & [uniprot-Organism:falciparum*]) | [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]) |
| С идентификаторами всех трёх онтологий GO |
4646 |
((([uniprot-Organism:Plasmodium*] & [uniprot-Organism:falciparum*]) | [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]) & (([uniprot-DBxref_:C:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*])) |
| В том числе microtubule |
28 |
((([uniprot-Organism:Plasmodium*] & [uniprot-Organism:falciparum*]) | [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]) & (([uniprot-DBxref_:C:microtubule*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*])) |
| В том числе те, у которых встречается
хотя бы один раз
самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS) |
22 |
(((([uniprot-Organism:Plasmodium*] & [uniprot-Organism:falciparum*]) | [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]) & (([uniprot-DBxref_:C:*] | [uniprot-DBxref_:P:*]) | [uniprot-DBxref_:F:*])) & (([uniprot-DBxref_:EXP:*] | [uniprot-DBxref_:IDA:*]) | [uniprot-DBxref_:TAS:*])) |
| В том числе только
с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS) |
|
|
Описание функции белка (P00803) в БД EcoCyc
| |
Онтология GO (название словаря) |
Количество ассоциированных терминов GO |
Краткий ответ на вопрос |
Дополнительные данные EcoCyc |
| Где? |
Cellular Component |
2 |
в мембране |
|
| Зачем, для чего? |
Biological Process |
1 |
протеолиз |
Данная пептидаза служит для отщепления сигнальной последовательности от секреторных белков |
| Молекулярный механизм? |
Molecular Function |
1 |
пептидазная активность (сериновая) |
|
| Специфичность? |
Molecular Function |
- |
Сериновая пептидаза |
|
Исследование качества аннотации группы белков в UniProt
"чисто компьютерных" аннотаций GO в UniProt для Plasmodium falciparum и микротрубочек не найдено
запрос в SRS (для Plasmodium falciparum и микротрубочек):
([uniprot-DBxref_:C:microtubule*] & (([uniprot-Organism:Plasmodium*] & [uniprot-Organism:falciparum*]) | [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]))
|
На главную
Четвертый семестр
|