Программы пакета BLAST для работы с нуклеотидными последовательностями

1. Поиск гомологов белка LEP_ECOLI в геноме Pasteurella multocida

   Число находок с Е-value<0,001		1
   Характеристика лучшей находки:
   	E-value находки	3e-75
   	AC соответствующей записи EMBL	AE006042
   	Координаты выравнивания(-ий) в записи EMBL	1737-2666
   	Координаты CDS в записи EMBL (если есть)	1716-2738
   	AC UniProt для этого CDS (если есть)	Q9CPH7

2. Поиск гомологов белка LEP_ECOLI в геномах Pasteurella multocida, Salmonella typhimurium и Xanthomonas campestris

   e-value находки из генома Pasteurella multocida увеличилось с 3e-75 до 2e-74

   Общее число находок в трех геномах - 3

3. Поиск гомологов белка LEP_ECOLI с помощью программы BLASTN в геномах Pasteurella multocida, Salmonella typhimurium и Xanthomonas campestris

   E-value лучшей находки - 0.0
   Соответствующее выравнивание можно посмотреть здесь

   
   
   Краткая аннотация найденного белка:
   

   FT   CDS             complement(17877..18851)
   FT                   /codon_start=1
   FT                   /transl_table=11
   FT                   /gene="lepB"
   FT                   /product="leader peptidase (signal peptidase I), serine
   FT                   protease"
   FT                   /EC_number="3.4.21.89"
   FT                   /note="signal peptidase I. (SW:LEP_SALTY)"
   FT                   /db_xref="GOA:P0A1W2"
   FT                   /db_xref="HSSP:P00803"
   FT                   /db_xref="InterPro:IPR000223"
   FT                   /db_xref="InterPro:IPR011056"
   FT                   /db_xref="InterPro:IPR014037"
   FT                   /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A1W2"
   FT                   /protein_id="AAL21476.1"
   

   
   

   Таким образом, программы TBLASTN и BLASTN могут использоваться в аннотировании геномов, в частности TBLASTN в поиске гомологов белков, а с помощью TBLASTN хорошо ищется белок в банке данных

Третий семестр