|
Из записи EMBL - AALD01000002, неаннотированного фрагмента генома бактерии Yersinia mollaretii, был вырезан фрагмент 1-7001,
для определения,
закодированы ли данном фрагменте какие-либо белки, похожие на известные белки родственной бактерии - Escherichia coli K-12,
были проделаны следующие действия:
Полный протеом E. coli получен из Swiss-Prot командой:
>seqret sw:*_ECOLI
Для поиска похожих белков была использована программа BLASTP,
поиск велся по протеому Escherichia coli, для чего были предварительно созданы индексные файлы командой:
>formatdb
BLASTP запускался (при условии E-value<0,001) для каждой из транслированных последовательностей, полученных из Yersinia mollaretii, перебором всевозможных рамок считывания длиной не менее 240 нуклеотидов(для последнего использовалась программа getorf):
>getorf -minsize 240 -table 11 -find 1
Результаты поиска приведены в таблице:
| рамка | старт | стоп | направление | количество находок | лучшие находки | e-value |
|---|
| AALD01000002_8 | 6872 | 6150 | Обратное | 95 | YHBG_ECOLI | 9,00E-119 |
| AALD01000002_9 | 6086 | 4653 | Обратное | 1 | RP54_ECOLI | 0 |
| AALD01000002_10 | 4626 | 4342 | Обратное | 2 | RP5M_ECOLI | 2,00E-40 |
| AALD01000002_11 | 4242 | 3751 | Обратное | 9 | PTSN_ECOLI | 8,00E-72 |
| AALD01000002_12 | 3701 | 2778 | Обратное | 1 | YHBJ_ECOLI | 2,00E-155 |
| AALD01000002_14 | 2778 | 2509 | Обратное | 4 | PTSO_ECOLI | 5,00E-06 |
| AALD01000002_15 | 1914 | 664 | Обратное | 1 | LEU1_ECOLI | 6,00E-08 |
Гипотетические гены во фрагменте 1-7001 записи aald01000002
Из
3'------------------------------------------------------------------[<= LEU1_ECOLI, 664-1914]------------------------------
3'------------------------------[<= PTSO_ECOLI,2509-2778][<= YHBJ_ECOLI,2778-3701]-----[<= PTSN_ECOLI,3751-4242]-----------
3'-[<= RP5M_ECOLI,4342-4626]---[<= RP54_ECOLI,4653-6086]-------[<= YHBG_ECOLI,6150-6872]-------------5`
Схематичное расположение генов в геноме E. Coli
3'--[<= LEU1_ECOLI,81958-83529]-------------------------------------------------------------------------------------------
5'------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
3'------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
5'----------------------------------------------------------------------------------[=> YHBG_ECOLI,3341966-3342691]-------
3'------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
5'-----------[=> RP54_ECOLI,3342739-3344172]-[=> RP5M_ECOLI,3344195-3344482]----------[=> PTSN_ECOLI,3344600-3345091]-----
3'------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
5'-------------------[=> YHBJ_ECOLI,3345137-3345991]--[=> PTSO_ECOLI,3345988-3346260]-------------------------------------
3'-----------------------------5'
5'-----------------------------3'
В результате сравнения предсказанных генов в Yersinia mollaretii с существующими из Escherichia coli K-12 можно утверждать, что RP54_ECOLI, YHBG_ECOLIб, RP5M_ECOLI, PTSN_ECOLI, YHBJ_ECOLI, PTSO_ECOLI, достаточно близко расположены в обоих геномах. Правда в геноме Yersinia mollaretii они кодируются на комплементарной цепочке, а в Escherichia coli K-12 - на прямой.Белок LEU1_ECOLI находится относительно далеко от остальных белков в обоих геномах
Любопытно что гены PTSO_ECOLI и YHBJ_ECOL находятся вплотную - вполне возможно, что там кодируется только YHBJ_ECOLI т.к. его E-value намного значимее чем у PTSO_ECOLI к тому же у PTSO_ECOLI е-value довольно небольшой
Таким образом, скорее всего все эти белки (кроме PTSO_ECOLI) из Escherichia coli K-12 могут находится на этом фрагменте Yersinia mollaretii.
|
На главную
Третий семестр
|