Паттерны и профили

1. "Создание паттернов аминокислотных последовательностей"

   • фрагмент выравнивания, по которому строились паттерны
   • Таблица к упр. 1

     результаты поиска по паттернам в банке данных Swiss-Prot

     Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
     Фрагмент последовательности	GFVPEANLVGRATAIWMS	1	ДА
     Сильный	G-[FM]-VP-[EDFR]-[EKRA]-N-[LIF]-[VIEL]-G-[KR]-[AV]-[TFVQI]-[KAFVY]-[IV]-[WY]-[MYF]-x(0,5)-[SHW]	11	ДА
     Слабый	[EDFR]-X-N-[LIF]-[VIEL]-G-[KR]-[AV]-X-X-X-[WY]-{GAV}	14	ДА

     Используя интерфейс PROSITE был произведен поиск по базе данных SwissProt используя различные паттерны

     Дополнительно к исходным 8-ми, сильным паттерном было найдено еще 3 последовательности:

     Q

     8

     L

     2

     J

     7

     :

     G

     F

     V

     P

     F

     E

     N

     F

     I

     G

     K

     A

     Q

     F

     I

     W

     F

     S

     T

     K

     I

     T

     W

     :

     2

     3

     O

     6

     7

     0

     8

     8

     :

     G

     F

     V

     P

     R

     E

     N

     I

     E

     G

     K

     A

     F

     V

     I

     Y

     Y

     S

     G

     K

     V

     P

     S

     :

     2

     3

     P

     4

     4

     4

     5

     4

     :

     G

     F

     V

     P

     E

     K

     N

     I

     V

     G

     K

     A

     T

     Y

     I

     W

     M

     -

     -

     -

     -

     -

     S

     :

     1

     8

     Q

     9

     I

     5

     G

     7

     :

     G

     M

     V

     P

     D

     R

     N

     I

     V

     G

     K

     A

     F

     A

     V

     W

     M

     -

     -

     -

     -

     -

     S

     :

     1

     8

     Q

     8

     9

     A

     M

     6

     :

     G

     F

     V

     P

     E

     K

     N

     L

     I

     G

     K

     V

     V

     F

     I

     W

     M

     -

     -

     -

     -

     -

     H

     :

     1

     8

     P

     0

     0

     8

     0

     3

     :

     G

     F

     V

     P

     E

     A

     N

     L

     V

     G

     R

     A

     T

     A

     I

     W

     M

     -

     -

     -

     -

     -

     S

     :

     1

     8

     P

     5

     7

     3

     4

     7

     :

     G

     F

     V

     P

     E

     K

     N

     L

     V

     G

     K

     A

     I

     K

     I

     W

     M

     -

     -

     -

     -

     -

     S

     :

     1

     8

     Q

     8

     K

     9

     R

     0

     :

     G

     F

     V

     P

     E

     E

     N

     L

     L

     G

     K

     A

     T

     K

     I

     W

     M

     -

     -

     -

     -

     -

     S

     :

     1

     8

     P

     0

     A

     1

     W

     3

     :

     G

     F

     V

     P

     E

     A

     N

     L

     V

     G

     K

     A

     V

     A

     I

     W

     M

     -

     -

     -

     -

     -

     S

     :

     1

     8

     P

     0

     A

     1

     W

     2

     :

     G

     F

     V

     P

     E

     A

     N

     L

     V

     G

     K

     A

     V

     A

     I

     W

     M

     -

     -

     -

     -

     -

     S

     :

     1

     8

     P

     2

     6

     8

     4

     4

     :

     G

     M

     V

     P

     D

     E

     N

     I

     V

     G

     K

     A

     F

     A

     V

     W

     M

     -

     -

     -

     -

     -

     S

     :

     1

     8

     Слабый паттерн нашел кроме всех названных еще 3 последовательности:

         PRKDC_CHICK     PRKDC_XENLA     PURA_YEAST - Все они явно принадлежат другому организму.

     Таким образом, существует пока только 1 белок, в котором встречается данный фрагмент последовательности белка Lep_Ecoli, с помощью сильного паттерна найдены еще 3 белка из того же организма что может указывать на их общее происхождение, а также с помощью слабого - только 3 белка из других организмов, что может быть интересно.

2. "Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке LEP_Ecoli"

   • Таблица к упр. 2

     Результаты поиска мотивов в белке P00803 по данным БД PROSITE

     Идентификатор документа PROSITE (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн (регулярное выражение)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
     PS00501	SPASE_I_1	Сигнальная пептидаза I с сериновым типом активного сайта	паттерн	[GS]-{PR}-S-M-{RS}-[PS]-[AT]-[LF]	неспецифична	1
     PS00760	SPASE_I_2	Сигнальная пептидаза I с лизиновым типом активного сайта	паттерн	K-R-[LIVMSTA](2)-[GA]-x-[PG]-G-[DEQ]-x-[LIVM]-x-[LIVMFY]	специфична	1
     PS00761	SPASE_I_3	Signal peptidases I signature 3	паттерн	[LIVMFYW](2)-{NLPA}-{T}-G-D-[NH]-{PIEW}-x(2)-[SND]-x(2)-[SG]	неспецифична	1

3. "Построение PSSM и определение веса последовательности по полученной матрице"

   • файл с фрагментом выравнинвания
   • выходной файл программы prophecy
   • выходной файл программы profit
   • Комментарии:

     С помощью программы prophecy пакета EMBOSS были построены - позиционно-специфичная матрица частот аминокислотных остатков(PSSM). Основываясь на полученной матрице, с помощью програмы profit получены веса последовательностей

Второй семестр