Пример использования трехмерного QSAR анализа для предсказания активности низкомолекулярных соединений в отношении данного белка.

Параметры:

Силовое поле, используемое при построении топологии - ffgmx.

Размер и форма ячейки: X 6.26000, Y 4.44300 и Z 5.77800 нм.

Минимизация энергии:

• Алгоритм минимизации энергии:
integrator= l-bfgs

• Алгоритм расчёта электростатики:
coulombtype=Cut-off

• Алгоритм расчета Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий:
vdw-type=Cut-off

Модель описания растворителя:

spc.itp

"Утряска" растворителя:

• Число шагов: 10000.
• Длина шага: 0.001 пс.
• Алгоритм расчёта электростатики:
coulombtype=pme

• Алгоритм расчета Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий:
vdw-type=Cut-off

• Алгоритм термостата:
Tcoupl=Berendsen

• Алгоритм баростата:
Pcoupl=no

Основной расчёт МД:

• Количество процессоров - 16.
• Длина траектории: 50 нс.
• Число шагов: 10000000.
• Длина шага: 0.005 пс.
• Алгоритм интегратора: md.
• Алгоритм расчёта электростатики:
coulombtype= pme

• Алгоритм расчета Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий:
vdw-type=Cut-off

• Алгоритм термостата:
Tcoupl=v-rescale

• Алгоритм баростата:
Pcoupl=Berendsen

Анализ результатов

Внешний вид сформировавшегося бислоя

PDB-файл с анимацией формирования: bil.pdb
Бислой формируется к 30-му фрейму (15000 фемтосек).

Площадь, занимаемая одним липидом
Y - нормаль.
Файл Excel с вычислениями. xvg.xls
Итог: 0,678 нм²

Зависимость площадей гидрофобной и гидрофильной поверхностей от времени.

Со временем система стабилизируется, снижая общую энергию.

Оценка меры порядка
Полученные файлы:
ord_start.xvg
ord_end.xvg
Полученные зависимости:
Start

End

Подвижность гидофильной головы меньше, чем у гидрофобного хвоста.

©Турал Я.Я.