Вычисление точечных зарядов и VdW параметров для молекулярной механики
Файлы, использованные в процессе вычисления:
Оптимизированный PDB-файл этана:
et.pdb.
Файл, описывающий топологию этана:
et.top.
Скрипт, моделирующий испарение этана:
script.bash.
Жидкая фаза
average energy (kJ/mol)
epsilon LJ coulomb
1.0000 -253.389 0.00253608
.12500 -31.9072 0.000452278
.03703 -5.14133 0.000149597
.01562 -1.57194 8.86437e-05
.00800 -3.99826 2.56685e-05
.00462 -2.60282 0.000114806
.00291 -3.44165 4.65368e-05
Газовая фаза
average energy (kJ/mol)
epsilon LJ coulomb
1.0000 -0.000226538 3.89948e-05
.12500 -0.000157918 3.89893e-05
.03703 -0.000141254 3.89911e-05
.01562 -0.000134331 3.89893e-05
.00800 -0.000130696 3.89908e-05
.00462 -0.000128504 3.89909e-05
.00291 -0.000127074 3.89911e-05
Вклад кулоновских сил мал по сравнению с Ван-дер-Ваальсовыми даже в газовой фазе, где WdV сильно слабеют.
Для воспроизведения энтальпии эпсилон должен быть где-то у 0.03703
