Вычисление валентных параметров для молекулярной механики

• Зависимость энергии С-С связи от расстояния между молекулами.
  Скрипт: make_b.bash
  Выходной файл: bond
  a = -79.7652 +/- 0.0004522 (0.000567%)
  k = 0.563608 +/- 0.02335 (4.142%)
  b = 1.55432 +/- 0.002455 (0.1579%)

     -79.73 ++-----+------+-------+------+------+------+-------+------+-----++
            +      +      +       +      +      +      +       "bond" + A    +
    -79.735 ++  A                                                f(x) ######++
            |   #                                                            |
            |    #                                                           |
     -79.74 ++    #A                                                        ++
            |      ##                                                        |
    -79.745 ++       ##                                                     ++
            |         A#                                                  #  |
            |           #                                                ##  |
     -79.75 ++           A#                                            ## A ++
            |              ###                                       ##A     |
    -79.755 ++              A##                                    #A#      ++
            |                  A##                               A##         |
     -79.76 ++                   ####                         #A#           ++
            |                     A #A#                  A #A##              |
            |                          A##A##A  A  A #A####                  |
    -79.765 ++                               ########                       ++
            +      +      +       +      +      +      +       +      +      +
     -79.77 ++-----+------+-------+------+------+------+-------+------+-----++
           1.3    1.35   1.4     1.45   1.5    1.55   1.6     1.65   1.7    1.75
  

  Нужна функция посложнее для аппроксимации, симметричная не подходит.

• Зависимость энергии С-С связи от торсионного угла HCH.
  Скрипт: make_a.bash
  Выходной файл: angle
  a = -79.3229 +/- 7.702e-05 (9.71e-05%)
  k = 3.56076e-05 +/- 6.229e-09 (0.01749%)
  b = -0.00793196 +/- 1.385e-06 (0.01747%)

    -79.7645 ++-----+------+------+------+-------+------+------+------+-----++
             +  A   +      +      +      +       +      +     "angle" + A    +
    -79.7645 ++ ##                                               f(x) ######++
             |    #                                                          |
    -79.7645 ++   #A                                                        ++
             |     ##                                                        |
    -79.7646 ++     #                                                    A  ++
             |       #A                                                 #    |
    -79.7646 ++       ##                                               ##   ++
             |         ##                                             A      |
             |          A#                                          ##       |
    -79.7646 ++           ##                                       A#       ++
             |             A#                                     #          |
    -79.7646 ++             ###                                 A#          ++
             |                A#                              ###            |
    -79.7646 ++                 #A                           A#             ++
             |                    ##                      #A#                |
    -79.7647 ++                     A##                 A##                 ++
             +      +      +      +   #A#A#      +  #A##+      +      +      +
    -79.7647 ++-----+------+------+------+##A##A##A#----+------+------+-----++
            109   109.5   110   110.5   111    111.5   112   112.5   113   113.5
  
  

  Аппроксимировалась хорошо.

• Зависимость энергии С-С связи от торсионного угла d3.
  Скрипт: make_t.bash
  Выходной файл: torsion

    -79.7595 ++------+-------+-------+-------+-------+-------+-------+------++
             +       +       +       +       +       +      "torsion"+  A    +
      -79.76 ++           A                  A                  A           ++
    -79.7605 ++         A   A              A   A              A   A         ++
             |                                                               |
     -79.761 ++                                                             ++
             |                                                               |
    -79.7615 ++       A       A          A       A          A       A       ++
             |                                                               |
     -79.762 ++                                                             ++
    -79.7625 ++                                                             ++
             |                                                               |
     -79.763 ++     A           A      A           A      A           A     ++
             |                                                               |
    -79.7635 ++                                                             ++
             |                                                               |
     -79.764 ++   A              A   A               A   A              A   ++
    -79.7645 ++                                                             ++
             +  A    +       +     A +       +       + A     +       +    A  +
     -79.765 ++------+-------+-------+-------+-------+-------+-------+------++
           -200    -150    -100     -50      0       50     100     150     200
  

  Имеютя три точки минимума (60, -60 и 180 градусов).
  

©Турал Я.Я.