Cеми-эмпирические вычисления: Mopac

• Молекула порфирина (c1cc2cc3ccc(cc4ccc(cc5ccc(cc1n2)[nH]5)n4)[nH]3), построенная с помощью obgen (подвергнута обработке).
  
  Как мы видим, молекула не плоская.

  Молекула после обработки Mopac
  
  Стала плоской. 1_opt.pdb

• Сравнение геометрии молекулы 1,4 бензохинона в нейтральном состоянии и при заряде -2.
  
  Зеленый - незаряженная молекула
  Голубой - с зарядом -2 на кислородах
  При появлении отрицательных зарядов на атомах О длина С-С связи слегка уменьшается.

  Энергия    	Частота         Длина волны
  1,913312	4,626E+14	6,48509E-07
  2,266014	5,47876E+14	5,47569E-07
  2,463186	5,95548E+14	5,03738E-07
  2,823915	6,82765E+14	4,3939E-07
  3,362161	8,12902E+14	3,69048E-07
  3,389757	8,19574E+14	3,66044E-07
  3,669242	8,87147E+14	3,38162E-07
  3,871323	9,36007E+14	3,20511E-07
  

  
  От оранжевого к фиолетовому цвету.

• Оптимизация геометрии молекулы тиминового димера при общем заряде системы 0.
  
  td_neu.pdb

  Оптимизация предыдущего результата с общим зарядом молекулы +2.
  
  Одна из С-С связей между молекуами тимина "порвалась".
  td_pos.pdb

  Оптимизация предыдущего результата с общим зарядом системы 0.
  
  Обе С-С связи нарушились.td_aft.pdb

  Система не вернулась в исходное состояние, т.к. новое более энергетически выгодно:
  

  TOTAL ENERGY  (neu)          =      -3273.58217 EV
  TOTAL ENERGY  (pos)          =      -3253.90834 EV
  TOTAL ENERGY  (aft)          =      -3273.69661 EV
  

©Турал Я.Я.