Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка

seq3.pdb
nag.smi
nag.pdb
nag.pdbqt
seq_d.pdbqt
vina.cfg
nag_prot.pdbqt
nag_prot.log

   № | (kcal/mol) | rmsd u.b.
-----+------------+----------
   1         -4.7       0.000
   2         -4.3       3.016
   3         -4.2       3.878

   № | (kcal/mol) | rmsd u.b.
-----+------------+----------
   1         -4.7       0.000
   2         -4.3       2.857
   3         -4.3       13.912

Исходя из изменений аффинности сложно сделать однозачный вывод.

Желательнее все же применить модель с подвижными а.о. и лигандом, т.к. белок не является статической молекулой и такой подход будет ближе к реальности.

Изменения аффинности при замене метильного радикала у NAG.

CH3	CH3_flex	H	OH	OH_flex	NH2	NH2_flex	Ph	Ph_flex
-4,7	-4,7	-4,3	-4,6	-4,6	-4,7	-4,7	-5,2	-5,3
-4,3	-4,3	-4,2	-4,6	-4,6	-4,6	-4,7	-5,2	-5,2
-4,2	-4,3	-4,0	-4,4	-4,5	-4,5	-4,5	-5,0	-5,0

Присоединение фенила поднимает значение аффинности.
Папка с данными, использованными для построения таблицы.

©Турал Я.Я.