Описание свойств LacY_Ecoli в производных базах данных


Prosite - это банк данных белковых семейств и доменов. Он состоит из биологически значимых сайтов, паттернов и профилей, которые помогают определить к какому известному белковому семейству принадлежит изучаемая последовательность.
PFAM - это банк данных доменой организации белков.Это большая коллекция множественных выравниваний, доменов, семеств и профилей-HMM для них. Hidden Markov Model, в отличие от использования паттернов и профилей в Prosite, наиболее современный способ описания консервативных участков во множественном выравнивании.
Interpro (интегрированная база данных) - это банк данных белковых семейств, доменов и функциональных сайтов, в которых опознаваемые черты (свойства), найденные в других белках, могут быть применены к неизвесным белковым последовательностям. Это интегрированная база данных.

Задания:
  1. С помощью Prosite наити известные мотивы в последовательности LacY. Выбрать паттерн длиной примерно 10-20 позиций.Придумать пример аминокислотной последовательности, идеально удовлетворяющей условиям выбранного паттерна, но не такой, как в последовательности LacY.
  2. Определить, какие домены есть в LacY. Поиск в базе данных PFAM по идентификатору SWISS-Prot LacY. Описать каждый из доменов. Создайть с помощью программы RasMol изображение 3D-структуры LacY в остовной модели, при этом разные домены раскрасить разным цветом.
  3. Изучить свойства первой записи, полученной с помощью InterPro, при поиске доменов в белке.

  • Доменная структура
  • Мотивы в аминокислотной последовательности
  • Данные InterPro


    Назад