На страницу IV-ого семестра
На главной страницы Brenda искали фермент 5.2.1.8 по ECNumber. Получили страничку фермента пептидилпролил изомеразы в данном ресурсе.
Схема реакции, катализируемой цис-транс-Изомеразой отсутствует, ввиду того, что настоящая реакция не связана с какими-либо молекулярными превращениями, а связана лишь с изменением торсионного угла ω на 180°.
Всего ферментов в БД: 1202.
Субъединичная структура характерная для ферментов данного типа: (поле SUBUNITS) может иметь одну, две и более субъединиц.
Пострансляционные модификации у цис-транс-Изомераз: (поле POSTTRANSLATIONAL MODIFICATION) в результате получаются гликопротеины, липопротеины, фосфопротеины.
Болезни человека так или иначе связанные с данным ферментом: (DISEASE) болезнь Альцгеймера, боковой амиотрофический склероз (болезнь Шарко), абдоминальная аортальная аневризма, ревматоидный артрит, кардиомиопатия, кариес, атопический дерматит, заболевания сердца, гепатит, СПИД, повышенное кровяное давление, бесплодие, ишемия, малярия, пневмония, туберкулез и другие.
Ввиду того, что были найдены белки, только из двух организмов: E. coli и человека, исследовать аннотации функций будем только у 2-х ферментов.
| UniProt | GOA | |||
| FKB1A_HUMAN | SLYD_ECOLI | FKB1A_HUMAN | SLYD_ECOLI | |
| SRS запрос | [uniprot-ID:FKB1A_HUMAN] | [uniprot-ID:SLYD_ECOLI] | GOA поиск | GOA поиск |
| Где? | (СС SUBCELLULAR LOCATION) Цитоплазма | (СС SUBCELLULAR LOCATION) Цитоплазма | Нет данных | (Component) Цитоплазма |
| Молекулярный механизм? | (СС FUNCTION) Ускоряет фолдинг белков. Катализирует цис-транс изомеризацию С-N связи (Pro-X связь (X-любая аминокислота)) в олигопептидах. | (СС FUNCTION) Ускоряет фолдинг белков. Необходим для лизиса phiX174 инфицированных клеток. | (Process) Фолдинг белков. Позитивная регуляция I-kappaB kinase/NF-kappaB каскада. (Function) Пептидил-пролил цис-транс изомеразная активность. Является посредником в передачи сигнала снаружи внутрь клетки. Рецепторная активность. Белок-связывающая активность. Изомеразная активность. | (Process) Фолдинг белков. (Function) Пептидил-пролил цис-транс изомеразная активность. Белок-связывающая активность. Изомеразная активность. Связывание йонов металлов. |
| Специфичность? | (СС FUNCTION) Может модулировать рианодиновые рецепторы изоформа-1 (RYR-1). (DE) FK506-связывающий белок. | (СС FUNCTION) Связывает никель и цинк с высокой аффинностью, а также медь и собальт с меньшей аффинностью. | Нет данных | (Function) Связывание йонов меди, цинка, никеля, кобальта. |
| Дополнительные данные: | (СС CATALYTIC ACTIVITY) Peptidylproline (ω=180) = peptidylproline (ω=0). (CC ENZYME REGULATION) ингибиторы: FK506 и рапамицин. | (СС FUNCTION) Активность этого фермента заметно ниже, чем у других пептидил-пролил изомераз на одинаковых субстратах. (CC ENZYME REGULATION) Активность обратимо регулируется связыванием 3-х йонов никеля гистидин-богатым участком. | ||
Из полученных данных можно сделать следующие выводу. По полноте UniProt аннотация функций фермента из E.coli не уступает аннотации фермента человека. Почти вся информация о функциях ферментов содержится в поле комментариев (СС) документа UniProt. Также документы содержат дополнительные данные о каталитической активности, и регуляции работы ферментов. Сравнивая аннотацию UniProt и GOA надо заметить, что аннотация UniProt полнее. В GOA часто не содержится данных о локализации фермента в клетке. Дается указание на специфично, но ничего не сказано о том, насколько эта специфичность высокая. А кроме всего прочего, данные из GOA могут оказаться недостоверными, так как почти все аннотации компьютерные.
Два фермента, выбранные для дальнейшего исследования, из человека и кишечной палочки, такие же как и в предыдущем задании (FKB1A_HUMAN SLYD_ECOLI). Использую специальную функцию Brenda, фильтруем выборку, так, чтобы были показаны ферменты, только из человека (затем из кишечной палочки). В результате, данных по оптимуму pH ферментов не найдено, активаторы для данных ферментов не найдены; найдены только ингибиторы и только для фермента из человека. Список ингибиторов для фермента из человека: 5-гидрокси-1,4-нафтохинон, ацетил-Ala-Ala-D-Ser-Pro-Leu-NH-4-нитроанилид, ацетил-Ala-Pro-Phe-4-(триметиламмоний)анилид, Ala-Pro, Ser-Pro, циклоспорин А, сукценил-Ala-Ala-Pro-Phe-4-карбоксиметиланилид, сукценил-Ala-Ala-Pro-Phe-4-нитроанилид, сукценил-Ala-Pro-Phe-4-аминоанилид и другие.