На страницу II-ого семестра
При построении этой матрицы использовался алгоритм Нидельмана-Вунша.
Создали Excel-книгу matrix.xls, где построили схему глобального выравнивания двух последовательностей. Первая последовательность состоит из первых 4-х остатков моего белка. Вторая - последовательность из пяти букв, которая является модификацией первой (т.е. внесли две произвольные замены и на произвольном месте вставили букву). Оптимальный путь веделен цветом. Параметры для построения схемы переходов использовались следующие: вес совпадения (С) = 2, вес замены (S) = –1, штраф за гэп (G) = –2. В верхней левой клетке матрицы поставили 0.
Тогда ki,j - i,j-элемент матрицы можно рассчитать по формуле:
ki,j = max {ki-1,j + G; ki,j-1 + G; ki-1,j-1 + C (S)}.
В последнем элементк формулы прибавляем С - если совпадают соответствующие 'ktvtyns выравнивания, и прибавляем S - если соответствующие элементы выравнивания различны. Оптимальное выравнивание (вес 0):
M-AHR MNATW
При построении этой матрицы использовался алгоритм Ватермана-Смита.
В книге matrix.xls создали лист с названием local, на котором построили схему локального выравнивания тех же двух последовательностей, что и в первом задании. Параметры для построения схемы переходов использовались следующие: вес совпадения (С) = 2, вес замены (S) = –1, штраф за гэп (G) = –2. В первом столбце и в первой строке все ячейки заполнили 0. Остальные элементы вычисляли по формуле:
ki,j = max {ki-1,j + G; ki,j-1 + G; ki-1,j-1 + C (S); 0}.
Эта матрица будет существенно отличатся от предыдущей тем, что в ней не будет отрицательных значений ни в одной из ячеик. Оптимальных локальных выравниваний получилось два:
M A M A