На страницу II-ого семестра

Доменная структура белка BIOB_Ecoli

Идентификатор Pfam
Название записи
Полное название домена
Положение в последовательности BIOB_Ecoli
PB001080 Pfam-B 1080   7 - 40
PF04055 Radical SAM S-аденозилметионин (S-adenosylmethionine ) 47 - 209
PF06968 BATS Домен связанный с синтезом биотина и тиамина (Biotin and Thiamin Synthesis associated domain) 220 - 312
PB008257 Pfam-B 8257   313 - 344

Подробное описание домена PF04055

  1. Ввиду того, что первый N-концевой домен (Pfam-B 1080) относится к PfamB, изучать будем следующий домен - Radical SAM.
    Домены данного семейства катализируют различные реакции, включая метилирование, изомеризацию, сульфирование, анаэробное окисление и многие другие реакции. Существуют данные, что белки содержащие домены из данного семейства способны вызывать радикальное расщепление S-аденозилметионина на Fe - S центре. (описание переведено со страницы Pfam.

  2. C доменами Radical SAM всего известно 4570.

  3. Данные для нижеприведенной таблицы взяты со страницы Pfam.

    Таксон
    Количество белков с доменом PF04055.
    Эукариоты Растения 37
    Грибы 76
    Животные 116
    Бактерии   3583
    Археи   674

  4. Домен Radical SAM во всех случаях встречается в белках в сочетании с каким-либо другим доменом. Нет ни одного случая, когда Radical SAM был бы единственным доменом в белке.
    Известны случаи дупликации домена Radical SAM, т.е. когда два таких домена присутствуют в одном белке.
    После домена Radical SAM могут следовать различные домены (наиболее типичные BATS, TRAM, Mob_synth_C и некоторые другие), но случаев перестановки местами Radical SAM и последующих доменов не наблюдается.

    Страницу с изображениями основных типов доменной архитектуры можно посмотреть здесь.
© Sedliarov Vitaliy