Cемейства доменов

Описание доменной организации белка, с использованием ресурсов Pfam.

Доменная организация белка METK_ECOLI

- Схематическое изображение доменной структуры METK_ECOLI по данным БД Pfam

Зеленый цвет - домен S-AdoMet_synt_N:2-101

Красный цвет - домен S-AdoMet_synt_N:113-231

Желтый цвет - домен S-AdoMet_synt_С:233-370.

Домены, отмеченные на пространственной структуре METK_ECOLI по данным записей PDB (1rg9)

На представленном изображении пространственной структуры METK_ECOLI показаны 4 цепи A, B, C, D. Зеленым цветом отмечен домен S-AdoMet_synt_N:2-101, красным - S-AdoMet_synt_N:113-231 и желтым, соответственно, S-AdoMet_synt_С:233-370. Оставшиеся части цепей, не входящие в данные домены, покаршены в серый цвет. Лиганды белка представлены в модели cpk.

Домены в последовательности METK_ECOLI

Идентификатор Pfam	Название записи	Полное название домена	Положение в последовательности METK_ECOLI
PF00438	1mxa	S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain (S-аденозилметионин синтетаза, N-концевой домен)	2-101
PF02772	1mxa	S-adenosylmethionine synthetase, central domain (S-аденозилметионин синтетаза, центральный домен)	113-231
PF02773	1mxa	S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain (S-аденозилметионин синтетаза, С-концевой домен)	233-370

Описание N-концевого домена белка METK_ECOLI

Краткая характеристика домена PF00438

S-аденозилметионин синтаза (МАТ) - фермент катализирующий образование S-аденозилметионина (SАМ) из метионина и АТФ. SАМ - важный донор метильной группы при трансметилировании, также важный донор пропиламинной группы в биосинтезе полиаминов. В бактериях присутствует единствнная изоформа SАМ-синтазы (ген metK), в дрожжах присутствуют две изоформы (гены SAM1 и SAM2), у млекопитающих и высших растений это, как правило, мультигенное семейство. Последовательность МАТ крайне консервативна среди изоформ и видов. Активные центры МАТ из E coli и крысиной печени располагаются между двумя субъединицами и образован боковыми цепями [аминокислотных] остатков обеих субъединиц, таким обазом димер является минимальной каталитической единицей. Боковые цепи, отвечающие за связывание лиганда консервативны между обоими белках. В структурах комплексов с участием ферента из E coli фосфатные группы занимают одинаковые позиции в (ФФн+Фн) и (АДФ+Фн) комплексах и расположены на дне глубокой расщелины, ближайшей ко входу в которую является аденозильная группа.

Организмы, в которых найдены белки с доменами PF00438

Таксон		Количество белков с доменом PF00438
Эукариоты	Растения	103
	Грибы	28
	Животные	85
Бактерии		586
Археи		2

Краткие ответы на следующие вопросы:

сколько всего известно белков с доменами PF00438? - 848
что бывает чаще: домен PF00438 — единственный домен в белке, или же этот домен обычно встречается в белках в сочетании с другими доменами? - домен PF00438 встречается в белках как единственый домен 15 раз, а в сочетании с другими доменами - 833, следовательно, в сочетании
известны ли случаи дупликации домена PF00438? - известны, например, в Metazoa
известны ли случаи перестановки 2-х доменов местами, если один из них PF00438? - нет

Мотивы в аминокислотной последовательности METK_ECOLI по данным БД InterPro

Картинка с изображением всех подписей в METK_ECOLI.

Мотивы в белке METK_ECOLI по данным БД InterPro

Название подписи	Положение в последовательности PYRD_Ecoli	Полное название базы данных
ADOMET_SYNTHETASE_1	116-126	PROSITE
ADOMET_SYNTHETASE_2	259-267	PROSITE
S-AdoMet_synt_N	2-101	SANGER
S-AdoMet_synt_M	113-231	SANGER
S-AdoMet_synt_C	233-370	SANGER
MAT	1-383	PIR
G3DSA:3.30.300.10	11-156	CATCH