Учебный сайт Шиндяпиной А.В.

Алгоритмы реконструкции деревьев.

1.Укоренение в среднюю точку.

Укорение происходит следующим образом:
находится самое длиное расстояние от листа до листа и за корень принимается середина этого пути.
Воспользовалась программой retree пакета PHYLIP. На вход программа принимает скобучную формулу, полученную при построении дерева методом neighbor-joining, записанную в файл intree.
Использовала скобочную формулу полученную именно этим методом, т.к. метод "максимальной бережливости" не предпалагает учета матрицы расстояний; так же нет смысла использовать уже укоренненые деревья (напр. UPGMA).
Получила следующее дерево:

В принципе похоже на "правильное", только последовательность BURCA выделена в отдельную ветвь, выходющую из корня.

2.Использование аутгруппы.

В качестве аутгруппы использовала BACSU(Bacillus subtilis). Для этого выравняла белок EFTS из данного организма с 7 остальными белками и подала выравнивание на вход fprotpars. Получила неукоренненое дерево без длин ветвей. Далее аналогично, используя программу retree (с опцией O), получила следующее укоренненое дерево (укоренение в точке 14)

Дерево полностью совпадает с правильным.

3.Бутстрэп.

-Создала 100 бутстрэп-реплик выравнивания белков протеобактерий программой fseqboot.
-Создала по полученным репликам деревья программой fprotpars (для этого просто подала выходной файл программы fseqboot на вход программе fprotpars).
-Создала из полученных деревьев единое дерево по принципу "расширенного большинства" (extended majority rule tree). Для этого файл с деревьями, выданный программой fprotpars, подала на вход программе fconsense
Получила следующее дерево:

                       +--------------------VIBFM
                       |
                +-100.0-|             +------ERWCT
                |      |      +-100.0-|
                |      +-41.8-|      +------ENT38
         +-100.0-|            |
         |      |             +-------------HAEIN
  +------|      |
  |      |      +---------------------------BURCA
  |      |
  |      +----------------------------------BRAJA
  |
  +-----------------------------------------RHOS4

Дерево совпадает с "правильным".
Ветвь {ERWCT, ENT38, HAEIN} против {BURCA, BRAJA, RHOS4, VIBFM} получила сравнительно небольшую поддержку 41.8, хотя является правильной и есть во всех деревьях, кроме дерева, построенного по алгоритму Neighbor-Joining.