Учебный сайт Шиндяпиной А.В.

Введение в PyMOL

1.Работа с записью 1KMY банка pdb

В качестве задания было предложено поработать с записью 1KMY в визуализаторе PyMOL. Надо было определить какой ион присутсвует в структуре. Для этого я открыла файл pdb и просмотрела поле HETATM, где и обнаружила, что это атом двухвалентного железа (на рисунке показан голубым). Он соединен координационными связями (расстояние 3.5 ангстрем) с остатками GLU, BPY и 2-мя HIS.

2. Работа с записями 1GT0 и 2B5A.

было предложено:
- рассмотреть участок цепи 75-100 в записи 1GT0 (некий белок, транскрипционный фактор). В данном участке цепи находится разрыв, на них приходятся остатки 78-96 (это несложно обнаружить просмотрев поля ATOM в файле pdb). Ниже представлено непосредственно место разрыва (остатки 75-77 и 98-100) и общее изображение белка, где те же остатки покрашены красным.



Скрипт: 
 
load 1GT0.pdb
hide none
show cartoon, resi 75-100

- изучить 21 остатки из четырех идентичных полипептидных цепей записи 2B5A. 3 из них (цепи A, B, D) показаны как нормальные GLN, 21 остаток из цепи С представляет собой некий гибрид двух пространственных вариантов представления GLN. В файле данным атомам соответствуют следующие записи: 
ATOM   1409  CB AGLN C  21      17.931  32.039  33.379  0.50 20.64           C  
ATOM   1410  CB BGLN C  21      17.973  31.950  33.643  0.50 22.06           C  
ATOM   1411  CG AGLN C  21      17.034  33.216  33.781  0.50 20.74           C  
ATOM   1412  CG BGLN C  21      16.993  31.438  32.609  0.50 23.71           C  
ATOM   1413  CD AGLN C  21      17.055  34.359  32.789  0.50 24.73           C  
ATOM   1414  CD BGLN C  21      15.641  31.013  33.167  0.50 26.46           C  
ATOM   1415  OE1AGLN C  21      17.097  34.149  31.567  0.50 20.63           O  
ATOM   1416  OE1BGLN C  21      15.470  30.787  34.370  0.50 32.44           O  
ATOM   1417  NE2AGLN C  21      17.048  35.589  33.309  0.50 17.33           N  
ATOM   1418  NE2BGLN C  21      14.666  30.890  32.270  0.50 27.89           N
Как видно, начиная с первого углерода радикала идет расхождение в координатах, где представлены 2 варианта - A и B.

Слева "неправильный" GLN из цепи С, справа нормальный GLN цепи А.
Скрипт: 
load 2B5A.pdb
hide all
show stick, resi 21 and chain C
show stick, resi 21 and chain A

Работать в PyMOL приятнее, чем в RasMOL. Мне понравился интерфейс и, естесвенно, огромным преимуществом первого является возможность создавать изображения высокого качества. На данном этапе это пока все плюсы по сравнению с RasMol, которые я заметила, но, скорее всего по мере работы с данным визуализатором я открою много других его возможностей.

©, "ООО Шиндяпина 2008"