Учебный сайт Шиндяпиной А.В.

Поверхность, гидрофобное взаимодействие, домены

Поверхности контакта пуринового репрессора 2PUD

Вообще за отображение поверхности отвечает команда show surface, <> , но на деле все как-то хитрее: для начала надо выделить (create) объекты, поверхность контакта для которых хочешь получить, затем выделить (select, around) то множество атомов, для которых ищите поверхность контакта (взяла расстояние 5.0), удалить(remove) все остальные объекты и уже тогда визуализировать поверхность командой show surface, <>. Вот таким образом я и получила следующие картинки:

- поверхность контакта между мономерами белка (здесь показана chain A в остовной(ribbon) модели) :



- поверхность контакта между репрессором и ДНК:



- поверхность контакта ДНК с репрессором:

Сервис PROTORP

Для изучения площади гидрофобного взаимодействия между мономерами пуринового репрессора 2PUD использовала сервер PROTORP. Процент неполярных атомов(=площадь гидрофобного взаимодействия), относящихся к поверхности контакта между мономерами - 44.14.

Сервис CluD

На вход сервис принимает pdb-файл, на выходе - файл со скруптом для RasMol (.rsc) и текстовой файл с таблицой атомов, входящих в кластеры ( 2pud.txt ).

Сервис pDomains

Данный сервис позволяет узнать доменную структуру белка, при чем предсказанные 7 различными методами. Для моего белка (1opd) картина тривиальна (он представлен одной цепью - A, на ней всеми методами предсказан один домен). Поэтому я выбрала более интересный пример - обратная транскриптаза вируса HIV-1 ( 2RKI.pdb ). Для цепи A на сервисе было предсказано 4 домена (методами dp и pdb): 

 pdp	2RKIA1 	1-224
	2RKIA2 	225-316
	2RKIA3 	426-557
	2RKIA4 	317-425
На изображении ниже приведена структура цепи с раскраской по доменам:



Для пуринового репрессора (см. упр.1) 2pud разными методами выявлено разное количество доменов. Я решила выбрать доменную организацию, предсказанную методом CATH:



Ниже представлено изображение с раскраской по доменам согласно CATH: 
CATH	2PUDA1 	2-58
	2PUDA2 	59-160 , 291-322
	2PUDA3 	161-290 , 323-339
©, "ООО Шиндяпина 2008"