Учебный сайт Шиндяпиной А.В.

Характеристики PDB-файла; биологические единицы

Технические характеристики записи 1OPD:

Разрешение: 1.50 ANGSTROMS
Число рефлексов: 9806
Полнота:BIN COMPLETENESS (WORKING+TEST) (%) : NULL
R-фактор: 0.182
free R-фактор: 0.234
Кристаллографическая группа и тип симметрии: P 1 1
Длины векторов a, b, c: 25.850 27.330 27.600
Ортогональны ли базисные периоды?Т.к. углы между базисными периодами не 90.00 (а 66.90 75.71 70.00), они не ортогональны
Совпадает ли абсолютная система координат с депонируемой? Да, совпадает.

ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000

Совпадает ли биологическая единица с ассимитрической единицей? Совпадает
Есть ли в структуре атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1? Да, атомы из почти всех молекул воды, например:

 HETATM  662  O   HOH A 113      -1.283   0.905 -14.827  0.96 24.65           O

Вычисление относительных координат одного из Сα-атомов.

Для этого взяла атом 63 изолейцина

 ATOM    465  CA  ILE A  63       4.873   3.075   0.318  1.00  7.63           C

Умножим матрицу на координаты и прибавим вектор:

 
SCALE1      0.038685 -0.014080 -0.005411        0.00000                         
SCALE2      0.000000  0.038938 -0.013991        0.00000                         
SCALE3      0.000000  0.000000  0.039729        0.00000

4.873*0.038685+3.075*(-0.014080)+0.318*(-0.005411)=0,143363736
3.075*0.038938+0.318*(-0.013991)=0,115285212
0.318*0.039729=0,012633822

Сравнение асимметрической единицы и биологической единицы записи 2PUD.

Для получения записи с биологической единицей воспользовалась сервером PDBe. На изображениях ниже показаны асимметрическая единица пуринового репрессора (только chain b - DNA and chain a) и биологическая единица (chain b, chain c - DNA; chain a, chain d):